دکتر یزدی و مهندس بازرگان معتقد هستند آنها برای نخستین بار پیشنهاد تشکیل  مجموعه ای برای هدایت انقلاب و تماس مستمر و معتبر با آیت الله خمینی را داده اند. مهندس بازرگان می گوید در جلسه ای که با حضور بهشتی و افرادی چون شیخ فضل الله محلاتی ، دکتر سحابی  فعزت الله سحابی و ... بوده وی پیشنهاد می دهد جمعی برای نظم بخشیدن به کار ها تشکیل بشود و بهشتی این پیشنهاد را می پذیرد . دلیل این کار را هم رسیدن پیام های متفاوت از آیت الله خمینی عنوان می کند که امکان تشخیص درستی آنها وجود نداشت (60) . 

اما در بیان روایت چگونگی تشکیل شورای انقلاب  اختلاف نظر وجود دارد. اخیرا هاشمی رفسنجانی مدعی شده که آیت الله خمینی جمع اولیه ای که آنها در ایران تشکیل داده بودند را پذیرفته و مسئولیت شورای انقلاب را به آنها واگذار می کند. 

بهشتی خود روند تشکیل شورای انقلاب را که به نظر وی اول نامش هیات مشاوران رهبر انقلاب بوده است را این چنین  تعریف می کند : « امام برای آنکه امور انقلاب در داخل کشور با نظم پیش برود و مرکزیت تصمیم گیرنده ای وجود داشته باشد ، پنج نفر از روحانیت را معین کردند و گفتند این گروه درباره مسائل تصمیم بگیرد و بوسیله تلفن و یا مسافر نتیجه را به ایشان اطلاع بدهد . در آن زمان مجاهد بزرگ آیت الله طالقانی در زندان بودند و همچنین مجاهد عالیقدر آیت الله منتظری در زندان بودند. لذا مرحوم استاد مطهری و آقایان هاشمی رفسنجانی ، موسوی اردبیلی ،باهنر و بنده را انتخاب کردند و گفتن دشما پنج نفر تبادل نظر بکنید و نظر خودتان ر ابرای من بفرستید و در ضمن از شما می خواهم درباره بخش دیگر یعنی در نظر گرفتن مدیریت آینده کشور هم مطالعه کنید و کیفیت کار و افراد بدرد بخور که متناسب با این انقلاب اسلامی باشند معرفی کنید. وی ترکیب اولیه شورای انقلاب را شامل افراد فوق و آیت الله طالقانی ، مهدوی کنی و سید علی خامنه ای می داند که بعدا افراد غیر روحانی چون مهندس کتیرایی ، صدر حاج سید جوادی ، مهندس بازرگان و دکتر سحابی به این جمع اضافه شدند [قبل از ورود آیت الله خمینی به ایران] » (61)

بهشتی همچنین قبول می کند که صحبت در خصوص تشکیل شورای انقلاب پیش از دیدار وی با آیت الله خمینی در پاریس مطرح بوده است. اظهارات وی بیدن شرح است : « ... من در ماه آبان قبل از اینکه ایشان را زیارت کنم آقای مهندس بازرگان ، دکتر سنجابی و عده ای دیگر رفته بودند و با ایشان ملاقات هایی داشته در اولین ملاقاتی که با ایشان کردم بعد از مسائل کلی این مطلب را فرمودند که یکی از دوستان صورت اسامی را هم داده اند  ،من آن صورت را نگاه کردم که نام عده ای از چهره های روحانیون مبارز بود ، عده ای از تحصیل کرده هایی که سابقه فعالیت سیاسی و مبارزاتی داشتند وسابقه نوعی از مدیریت و از ترکیب انها می توان یک مجموعه ای بوجود آورد.من از گفتار امام استنباط کردم که ایشان روی بخش دوم بیشتر تکیه دارند ،بیشتر تکیه شان این است که ما چگونه در جامعه باید آمادگی داشته باشیم برای مقابله با ان خلاء ایی که  بر مدیریت جامعه ممکن است پیش آید. ولی خود من تکیه ام  بیشتر روی  بخش اول بود. من به ایشان عرض کردم  که انقلاب و نهضت مردم دارد به اوج نزدیک می شود و این نقطه اوج حتما نقطه پیروزی فوری هم نیست و امکلن یم نقابله کوبنده و شکننده از سوی رژیم و امریکا وجود دارد . بنابراین قبل از هر چیز باید یک هسته  آماده ای باشد برای اینکه بتواند به این حرکت توده ای و عظیم و تداومش کمک کند و این را فوری تر  می یابیم. در آن موقع ها در برابر اعلامیه ها و تصمیم های مبنی بر بسیج عمومی مردم مقاومت ها صورت می گرفت. به عنوان مثال وقتی جامعه روحانیت مبارز تهران برای تعطیلی روز 16 شهریور اعلامیه صادر کرد و گروه های دیگر نیز اعلامیه صادر کردند. در برابر این تعطیلی مقاومت حساب شده صورت گرفت که بر چهره های روحانی خارج از تهران نیز متکی بود ، میان مردم شکاف انداختند. با این زمینه ها من به ایشان عرض کردم فکر ایجاد هسته ای که تصمیم بگیرد ضروری است و شما به آن هسته امکان این را بدهید که دعوت و سخن او در جامعه ببرد و تاثیر فراوانش را حفظ کند. بر این اساس بود که در این مذاکره روی بخش دوم تاکید کردیم و ایشان با آشنائی ها قبلی که داشتند یک گروه 5 نفره ای از روحانیت را تعیین کردند تا در مورد مسائل تصمیم بگیرد و بوسیله تلفن یا مسافر به من اطلاع بدهد  که در جریان باشم. ایشان گفتند شما 5 نفر ( بهشتی ، مطهری ، باهنر ، هاشمی و موسوی اردبیلی)  تبادل نظر کنید و نتیجه را به من اطلاع بدهید. ضمنا از ما 5 نفر خواست در مورد بخش دیگر یعنی در نظر گرفتن مدیریت آینده کشور هم مطالعه کنید. بدینترتیب هسته روحانیت مبارز در ارتباط با انقلاب بوجود آمد و ماموریت داشت که اولا در مراحلی که در پیش بود برای هماهنگی نیرو ها فعالیت کند و ثانیا برای آینده هم کار کند. نام این گروه شورای انقلاب نبود. چون شورای انقلاب به گروهی گفته می شود که در تمام مراحل انقلاب و در اثنا پیشرفت آن بتوانند با کمک یکدیگر انقلاب را به جلو ببرند. به این ترکیب گفته می شود شورای انقلاب. این هسته البته کم و بیش هر کدام شان در پیروزی انقلاب سهیم بودند ولی چنین نبود که بگوئیم این هسته در آن نقطه و مرکزیت اصلی انقلاب از نظر شوراها قرار گرفته بودند و مجموعه ملت این اینها را به عنوان هسته اصلی رهبری انقلاب می شناختند. نه ملت رهبر انقلاب را در پاریس می یافت. به این دلیل بود که ما اسامی بر این مجموعه نگذاشتیم. .. بعد از من دوستان دیگری رفتند به پاریس آنجا اظهار نظر هایی کردند  و آنجا یکی از دوستان پیشنهاد کرده بود خوب است  نام این گروه را شورای انقلاب بگذاریم و نیز گفته شده بود که این گروه باید مرکب از روحانیت و چند تن از چهره های معروف آن دوران باشد. دوستان برگشتند و شورای انقلاب ترکیبی شد از این 5 نفر و آقایان طالقانی ، مهدوی کنی و خامنه ای که بعدا اضافه شدند و چند چهره غیر روحانی که اول آقایان مهندس بازرگان  ،مهندس کتیرائی ،  دکتر سحابی و دکتر احمد صدر حاج سید جوادی بودند و بعد به تدریج افراد دیگری اضافه شدند. بعد از تشکیل دولت اعضاء دولت از شورای انقلاب رفتند  و آقایان یزدی ، بنی صدر و قطب زاده که صحبت شده بود بازوی خارج از شکور شورای انقلاب باشند اما تصویب نشده بود به شورا ملحق گشتند.  را بگذاریم "( منبع : روزنامه جمهوری اسلامی  ،مورخ 6/12/1358 ، ص 6)

بدینترتیب معلوم می شود بهشتی سعی وافری داشته است که جمع شورا محدود به هسته 5 نفره باقی بماند  آنها هدایت انقلاب و تصمیم گیری ها ر ابر عهده داشته باشند و بخصوص از نیرو های غیر روحانی کسی در آن جمع حضور نداشته باشد. این مسئله بینش عمیق روحانی سالاری وی را به نمایش می گذارد .و وی در روایت از ماجرای تظاهرات ناکام 16 شهریور که به زعم وی منجر به پذیرش پیشنهادش توسط آیت الله خمینی می شود ، علت درست قضیه را نمی گوید. انحصار طلبی وی و دوستانش باعث اعتراض و مقاومت دیگر نیرو های انقلابی شده بود. و گرنه در 17 شهریور جمعیت زیادی به فراخوان آیت الله علامه نوری در شرف تهران پاسخ مثبت دادند. وی از ابتدا در فکر در دست گرفتن هدایت انقلاب و تاسیس حکومت جدید در دست جمع محدودی از روحانیت انقلابی بود و بر همین مبنا هم کوشید تا جمهوری اسلامی به این نگرش نزدیک باشد.

البته بهشتی قبل از رفتن آیت الله خمینی به نوفل لوشاتو و تشکیل هسته اولیه شورای انقلاب در ماه شهریور و مهر 57  در جلسات هفت نفره شرکت می کند. هدف این جلسات ایجاد هماهنگی بین نیرو های جبهه ملی  ،نهضت آزادی   ،منفردینی چون علی اصغر حاج سید جوادی  و سرهنگ توکلی  ،جاما و جامعه روحانیت مبارز تهران بود. وی به همراه  مهندس بازرگان  ،دکتر سحابی  ، داریوش فروهر ، دکتر سامی  ،دکتر پیمان و بهشتی جلسات اولیه را برگزار می کنند. به ادعای بهشتی در این جلسات یک دو گانگی وجود داشت. نهضت آزادی و جبهه ملی علی رغم تفاوت هایی ولی از اصلاح گام به گام حمایت می کردند تا نخست آزادی ها و اصول معطل مانده قانون اساسی احیاء شود و سپس پیروزی در هر مرحله سکوی پرشی برای مرحله بعد شود. این نگاه معتقد به تقدم مبارزه با استبداد بر استعمار بود . به باور آنها نخست مبارزه با برخورد مستبدانه حکومت شاه و سپس مخالفت با شخص شاه ضرورت داشت و اگر شاه طرح شاه سلطنت کند نه حکومت با تغییر نظام سلطنت هم چه بسا مشکلی نداشت. اما دیدگاه دوم که بهشتی و پیمان و سامی از ان حمایت می کردند خواهان سرنگونی نظام سلطنتی و مبارزه توامان با استعمار و استبداد بودند. ( پیشین)

بهشتی چند روز در نوفل لوشاتو اقامت می کند. موسوی خوئینی ها روایت می کند در جلسه ای که با بهشتی در میهمانخانه نوفل لوشاتو  داشتند او  ، سید احمد خمینی  ،سید حسین خمینی ، موسوی خوئینی ها و آیت الله صدوقی را قانع کرده که صبحانه میهمانسرا که بار مشروب داشته  نجس نیست. 

اما زمان حضور بهشتی مصادف با زمان حضور  مهندس بازرگان و دکتر کریم سنجابی  در نوفل لوشاتو است. حسین مهدیان می گوید :  " شهيد بهشتي پس از سفر به پاريس و قبل از تشکيل دولت نظامي ازهاري، توقف کوتاهي در وين داشتند. در آنجا در مورد ملاقاتي که مهندس بازرگان و دکتر سنجابي در نوفل لوشاتو با امام داشتند، سئوال کردم و پرسيدم، «وقتي شما آنجا بوديد، چه گذشت؟» آقاي بهشتي گفتند، «در نوفل لوشاتو با مهندس بازرگان صحبت کردم. مواضع او با امام فرق مي کند، يعني به دليل حمايتهاي آمريکا از شاه، ايشان اعتقاد به اين ندارد که شاه از سلطنت کنار برود. البته ايشان اين حرفها را از روي دلسوزي مي زند، ولي آقاي سنجابي اين طورنيست. مواضع امام را ظاهراً قبول کرده، ولي صداقت ندارد».(62)

او در نیمه اول آبان 1357 با دست پر به ایران بازگشت و به صورت جدی به هدایت و سازماندهی اعتراضات و اعتصاب ها در تهران وشهرستان ها  در مسیر دلخواه پرداخت. اهم فعالیت وی تلاش برای جهت دادن انقلاب توسط جمعی یکدست از افرادی بود که در طول سالیان گذشته با انها کار کرده بود و تثبیت و جا انداختن شورای انقلاب. البته وی در آن زمان فکر نمی کرد که انقلاب در چند ماه آینده یه پیروزی می رسد. ولی فضا را برای تحقق آرزویش در زمینه تاسیس حکومت اسلامی مساعد دید.  از دید وی انقلابی که بعد ها انقلاب اسلامی نام گرفت همین حرکتی بود که در تداوم 15 خرداد پس از 19 دی 1356 راه افتاده بود و تعریف وی از انقلاب این حرکت بود و مبارزات دیگر گروه های ملی ، مذهبی و چپ را در بر نمی گرفت. افرایش فعالیت های او مورد توجه ساواک قرار گرفت. اداره سوم ساواک در نامه ای به ساواک تهران برای کنترل بهشتی چنین می گوید: « (..... دو ماه پیش و هنگام اوج تظاهرات اخیر بهشتی به تهران وارد و در سازماندهی یکی از گروه‌های مذهبی که وابسته به امام خمینی می‌باشد شرکت داشته ... ضمنا رابطه بین بهشتی و دیگر فعالین این گروه‌های مذهبی با مهندس بازرگان محرز و مسلم است»(63)

اختلافاتی که در نوفل لواشتو بین روحانیون و روشنفکران از یکسو و بین ابوالحسن بنی صدر ، صادق قطب زاده و ابراهیم یزدی برقرار بود  ،باعث شد تا بهشتی سفارشاتی را برای حل این اختلافات بکند.

علی فرزین از اعضاء وفت انجمن اسلامی دانشجویان دانشگاه لندن مدعی است :«  

بهشتي با مشاهده اين وضعيت، از دانشجويان ايراني وفادار به امام درخارج كشور و نيز برخي از مبارزان متدين داخل كشور خواسته بودند كه با حضور خود در نوفل لوشاتو از ميدان داري افراد بي اعتقاد به امام بكاهند. (64).

او در تاریخ 16 آبان به مدت دو روز بازداشت می شود. و اداره کل چهارم ساواک در مکاتبه‌ای با اداره کل سوم در مورد دستگیری وی  توسط کمیته ضد مشترک خرابکاری و تحویل نامبرده به زندان اوین اظهار می‌دارد که : «نامبرده بالا در تاریخ 14/9/57 به وسیله مأمورین کمیته مشترک ضد خرابکاری به بازداشتگاه اوین تحویل و در مورخه 16/9/1357 به کمیته مذکور تحویل گردید » (65)

پس از آزادی جدی تر به فعالیت هایش ادامه داد . 

برپایی اعتصابات برای سرنگونی رژیم پهلوی یکی از اقدامات انقلابیون و از جمله روحانیون  بوده است به طوریکه ساواک تهران در خصوص تصمیم عده‌ای از روحانیون طرفدار امام خمینی از جمله آیت‌الله بهشتی مبنی بر اعتصاب درمدارس چنین گزارش می‌دهد:

« عده‌ای از روحانیون طرفدار خمینی از قبیل دکتر سید محمد بهشتی واعظ و سایر اعضای شورای مرکزی روحانیون در جلسه هفته گذشته ضمن بحث درباره [مسأله] فوق اتخاذ تصمیم کرده‌اند که دبستان‌ها و مدارس راهنمایی هفته‌ای پنج روز باز و یک روز به حال اعتصاب باشند .... دانش‌آموزان دبیرستان ، به جای یک روز تعطیل به اعتصاب و تظاهرات کنند». (66)

وی در سازماندهی راهپیمایی عاشورا و تاسوعا نقش فعالی داشت. او در یکی از میادین تهران سخنرانی می کند و همچنین قطعنامه  تظاهرات را می خواند. یکی از گزارش های ساواک فعالیت های وی را این چنین توصیف می کند:« ناشناسی از مشهد با نامبرده بالا تماس حاصل و ضمن صحبت از اوضاع مشهد از وضع تهران از بهشتی سوال کرد . بهشتی گفت ما فردا (22/9/57) در جلسه روحانیت قرار است درباره باز شدن مدارس از روز شنبه (25/9/57) تصمیم بگیریم و سپس با نمایندگان معلمین تبادل نظر کنیم….

….بهشتی گفت ما فردا مسائل مختلف از جمله اعتصاب را بررسی می کنیم و با دوستان قم – یزد و اصفهان هم تبادل نظر خواهیم کرد ….

بهشتی درباره موفقیت راهپیمایی روزهای تاسوعا و عاشورا صحبت کرد و گفت در روز تاسوعا توانستیم به مردم تشکل بدهیم و حدود 500 نفر روحانی نیز در راهپیمایی روز تاسوعا شرکت داشتند … قطعنامه 17 ماده ای را در میدان های مختلف روحانیون قرائت نمودند . آقای دکتر مفتح در میدان 24 اسفند و من در جلوی مسجد امام زمان در خیابان آیزنهاور آن را قرائت کردم و قدری صحبت کردم که خیلی حسن اثر داشت . ما باید در آینده برنامه راهپیمایی را بیشتر مد نظر قرار بدهیم و از هم اکنون باید تدارک راهپیمایی برای روز اربعین را ببینیم…..

..(نظریه ساواک):با توجه به گفتار بهشتی از ارتباطی که روحانیون و قشریون مذهبی نقاط مختلف کشور با وی دارند اینطور نتیجه گرفته می شود که بهشتی رل رهبری را به عهده دارد. ضمنا اغلب این برنامه های ضد ملی و متشنج نمودن شهرها و اعتصابات با نظر آنها انجام می شود….» (67)

اما یکی از اسناد ساواک بر اساس شنود تلفنی  نشان می دهد که وی چندان از نتایج راهپیمایی تاسوعا و عاشورا راضی نبوده است : « :

 “….(مخاطب تلفنی بهشتی) :یکی از رفقا تلفن می کرد و می گفت ما خیال می کردیم روز عاشورا کلک کنده است آیا امری درکار بوده یا برنامه همین بوده است. بهشتی پاسخ داد بعضی رفقا تصورات ساده ای دارند . ما گفتنی ها را در آن روز گفته ایم منتهی ما مبارزه طولانی داریم که به تدریج باید جلو برود تا به نتیجه برسد و هدفمان این است تا به مرحله ای برسیم که بگوییم ما دیگر قیم و رییس انتصابی نمی خواهیم . ضمنا ما در این برنامه توانستیم به همه ثابت کنیم که چگونه می توانیم مردم را رهبری کنیم …” (68)

در گزارش های آخرین ساواک از بهشتی به عنوان گرداننده اصلی فعالیت های خمینی در ایران یاد می شود که امر درستی به نظر می رسد. بهشتی به سرعت هدایت شورای انقلاب را در دست می گیرد. همچنین می کوشد با جمع کردن نیرو های سنتی مذهبی و وابستگان به بنیانگزاران سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی و موتلفه به علاوه روحانیتی چون خامنه ای ، رفسنجانی  ،موسوی اردبیلی و باهنر امواج انقلاب را در کنترل خود بگیرد. 

وی نظر مثبتی نسبت به فعالیت های آیت الله طالقانی نداشت و در کل جمع آنها تمایل داشت تا حرکت را به صورت انحصاری هدایت کنند و از ظرفیت دیگر گروه ها در راستای اهداف خود استفاده نمایند. بهشتی در این زمینه دارای توانایی و مهارت بود که ضمن جلب همکاری جریانات غیر همسو ، هژمونی خود را بر حرکت تحمیل کند. وی حتی المقدور کوشید به دلیل  وحدت عکس ها و پلاکارد های دیگر گروه ها از جمله جبهه ملی و سازمان مجاهدین خلق و سازمان فدائیان خلق در راهپیمایی ها مورد استفاده قرار نگیرد.  در عوض عکس های آیت الله خمینی به صورت گسترده توزیع می شد و همچنین شعار هایی که تناسب با خواست این گروه داشت . در حالی که وحدت در شکل درستش پذیرش تکثر حرکت و وجود عکس ها و پلاکارد های گروه های مختلف بود. اما از همان ابتدا تلاش بهشتی و یارانش عدم پذیرش در نظر گرفتن سهم همه گروه ها در انقلاب بود. 

آیت الله بهشتی در این روز ها به تدریج تبدیل به شخصیتی شناخته شده بین مردم و نیرو های انقلابی و همچنین مسئولین حکومت شاه و نیرو های خارجی می گشت. تا پیش از انقلاب برای افکار عمومی وی شخصیتی معروف نبود.