کشف دستگاههای شنود وتجسس در بعثه یکی از شاخص ترین مراجع تقلید سنتی منتقد حکومت ولایت مطلقه فقیه، واکشنهای مختلفی را دربیت این مرجع تقلید ودیگر بیوتات مرجعی درشهر قم وهمچنین حوزه علمیه این شهر داشته است وحتی شماری از مراجع تقلید غیر منتقد را به مکاتبه با رهبری واعتراض به برخوردهای امنیتی اینچنینی با حوزه ومرجعیت واداشته است. همچنانکه مراجع تقلید مستقل وغیرحکومتی با ارسال پیامهای خصوصی برای شخص رهبر، مراتب اعتراض شدید خود را به این مسائل ابراز داشته اند. روحانیون در قم وشهرهای دیگر ایران، این اقدام نهادهای امنیتی نظام ولایت مطلقۀ فقیه را تجاوز آشکار به حریم مرجعیت ومایه وهن مرجعیت شیعه درافکار عمومی مسلمانان و کشورهای جهان می دانند.

یکی از طلاب حوزۀ علمیه قم در مصاحبه با رسام اظهار داشت، درحالیکه حکومت به بهانه واهی وهن مذهب، به محدود کردن شعائر ومقابله با بسیاری از آیین های مذهبی سنتی می پردازد،  درحقیقت خود با انجام چنین اقداماتی مایه خدشه دار شدن حیثیت مذهب را فراهم می آورد.

کارشناسان، مسئولیت اینگونه برخوردها را متوجه شخص رهبری وناشی از دستور وی به نهادهای امنیتی تحت امر وی از جمله اطلاعات سپاه برای کنترل بیوت مراجع تقلید منتقد وهمچنین پرونده سازی برای آنها می دانند.

گزارش کشف وسائل تجسس در بیوت مراجع تقلید، بازتاب گسترده ای در رسانه های عربستان یافته است. از جمله روزنامه الریاض امروز، شنبه ششم اکتبر، طی گزارشی مفصل به این موضوع پرداخته واین مسأله را "نشانه بی اعتمادی حکومت اسلامی به مراجع تقلید" دانسته است.

همچنین گفتنی است که آیت الله العظمی وحید خراسانی درواکنش به این تصمیم به تعطیلی کامل بعثۀ خود گرفتند، اما فرزند ارشد ایشان با واسطه نمودن برخی نزدیکان، ایشان را ازاین تصمیم منصرف ساخت.

مسأله کنترل بیوت مراجع تقلید ودخالت درامور مرجعیت همواره یکی از دغدغه های رژیم ولایت مطلقۀ فقیه برای محدود کردن قدرت نهاد دین درساختار اجتماعی ایران بوده است ودراین راه به شیوه های گوناگونی متوسل شده است. تهدید، فشار، شکنجه وارعاب وحتی حصر وتبعید مراجع تقلید منتقد حکومت یکی از رایج ترین شیوه های حاکمیت دربرخورد با مراجع تقلید منتقد معترض بوده است. کشف امنیتی اخیر نشان می دهد، رژیم ولایت مطلقۀ فقیه حتی در خصوصی ترین مسائل مراجع تقلید جاسوسي نموده واز این وسیله برای پیش بینی عکس العملها وواکنشهای احتمالی آنان نسبت به موضوعات حساس بهره برداری می نماید. همچنانکه این مسأله گمانه زنی ها پیرامون تلاش همه جانبه حکومت برای تربیت نیروهای اطلاعاتی درپوشش طلاب وروحانیون حاضر درحوزه وبیوت مراجع را نیز تقویت کرده وقطعی نموده است.