آیت الله خمینی در روز بعد در یک دیدار عمومی به این نامه واکنش تند  و خشم آلودی نشان داد. وی برخی از امضا کنندگان را افرادی پوچ نامید و از دیگرانی که آنها را قبلا می شناخته گله کرد که چرا لحن تند تری از رادیو اسرائیل بکار برده اند و  به جای وحدت بر طبل اختلاف و شکاف بین مسئولین می کوبند. او آنها را تلویحا شیطان زده نامید. برخورد آیت الله خمینی ضمن اینکه مداخله در امور مجلس بود و همچنین لحنی کاملا اقتدار گرایانه و آزادی ستیزانه داشت ، اما به چون و چرا در مورد ماجرای مک فارلین پایان داد و 8 نماینده امضا کننده نیز مغضوب واقع شدند  و پس از پایان مجلس دوم ،عرصه سیاسی را ترک کردند. نمایندگان حق داشتند از این مذاکرات با خبر بشوند بخصوص که رئیس مجلس سکاندار آن بود. تصمیم گیری ها در حوزه سیاست خارجی از اختیارات نمایندگان مجلس بود .

اما آنچه در این میان شایان توجه است ،حمایت تلویحی آیت الله خمینی از مذاکره با آمریکا در آن وقت و ناخشنودی از افشای آن توسط نهاد های حکومتی بوده است. فرضیه ای وجود دارد که علت اصلی بازداشت و حذف فیزیکی سید مهدی هاشمی افشای این موضوع در نشریه الشراع  لبنان بود. البته هنوز شواهد لازم برای اثبات این مدعا وجود ندارد ولی درستی آن محتمل است.  

از این رویداد می توان نتیجه گرفت که آیت الله خمینی موافق مذاکره  وسفر مک فارلین به ایران بوده و در جریان آن قرار داشته یا حداقل مخالفتی با آن انجام نداده  است. انجام برخورد های مشابه در مقاطع دیگر صحت این نتیجه گیری را قوت می بخشد. صادق قطب زاده مذاکراتی مخفی با هامیلتون جردن ، رئیس دفتر جیمی کارتر برای حل مشکل گروگانگیری داشت. وی مدعی بود که آیت الله خمینی در جریان بوده و قطب زاده  با موافقت او با آمریکائی ها تماس گرفته است. از آنجاییکه این مسئله در پرونده قضایی و اتهامات صادق قطب زاده طرح نشد  می توان درستی این ادعا را برداشت کرد. جریانی که ب اقطی زاده برخورد را انجام داد بسیار اصرار داشت وی را به عنوان نفوذی دولت آمریکا معرفی کند. بنابراین این ماجرا حربه خوبی در دست 

آنها بود. ممکن است گفته شود عدم اطلاع علت ماجرا بوده است. اما سخت می توان باور کرد که آنها اطلاع ندات هاند. این موضوع در زمان خودش در مطبوعات خارجی منعکس شد  وقطب زاده تکذیب کرد. بنابراین همین موضوع حداقل می توانست دادگاه انقلاب ارتش و حاکم شرع ان ری شهری را ترغیب کند تا این موضوع را پیگیری کنند و در فهرست اتهامات قطب زاده قرار دهند. به احتمال زیاد مواقت و همراهی آیت الله خمینی باعث شده که موضوع منتفی شود.  صادق طباطبایی نیز مدعی است که او پس از صحبت و کسب موافقت آیت الله خمینی از طریق مقامات آلمانی با کاخ سفید تماس می گیرد و مسیر مذاکره با کارتر باز می شود. او حتی مدعی است مذاکره کنندگان وقت آمریکا خواسته بودند مدرکی دال بر حمایت آیت الله خمینی از این مذاکرات ارائه بدهد. او نیز با آیت الله خمینی از طریق سید احمد هماهنگ می نماید تا در یک سخنرانی عمومی که ارتباطی با موضوع ندارد ، کلماتی در خصوص گروگانگیری به زبان آورد. این اتفاق رخ می دهد. مرکز نشر و آثار آیت الله خمینی تا کنون این ادعا را تکذیب نکرده است.

بنابراین صحت نتیجه گیری فوق ، نوعی دوگانگی در موضع آیت الله خمینی نسبت به آمریکا را آشکار می سازد . آیت الله خمینی در عرصه عمومی سخنان منفی زیادی نسبت به رابطه با آمریکا دارد. رابطه خصمانه آمریکا با نظام و تشبیه رابطه ایران  و آمریکا به میش و گرگ جایگاهی استراتژیک در دیدگاه جهانی آیت الله خمیینی داشت. وی در فضای آشکار و علنی در قامت ضد آمریکایی تمام عیار ظاهر می شد و به گونه ای رفتار می نمود که قائل به مصالحه و آشتی با آمریکا نیست و کسانی که خواهان رابطه با آمریکا بودند را سرزنش می کرد. اما در خفا حداقل در سه مورد موافق مذاکره مستقیم با مقامات آمریکایی  بوده است که آنها ر ا شیطان بزرگ می نامید. از این دوگانگی تحلیل های متفاوتی می توان داشت. نخستین تحلیل وجه تاکتیکی این برخورد است. آیت الله به شکل استراتژیک با آمریکا مخالف بوده و رویکرد تقابلی را تجویز می کرده است. اما به صورت ابزاری و تاکتیکی برای حل مشکلات مقطعی قائل به مذاکره و همکاری های مقطعی بوده است. 

اما می توان تحلیل دیگری داشت که آیت الله از  این مذاکرات برای گمراه کردن آمریکایی ها استفاده می کرده است. در اصل این حربه ، تاکتیکی در خدمت استراتژی برخورد بوده و همچنین می خواسته از نزدیک موضع آنها را ارزیابی نماید  و با شناخت بهتری از دیدگاه های آنها به برخورد و تقابل بپردازد. 

اما در عین حال این تحلیل را نیز می توان داشت که  آیت الله مخالفت ذاتی با آمریکا را به صورت مصلحتی در عرصه عمومی بیان می کرده و اعتقاد قلبی به آن نداشته است و با اتخاذ رویکرد دوگانه و مذاکره در پشت پرده می کوشیده تا حمایت امریکایی ها را جلب نماید و یا دفع شر کند. 

در هر صورت مذاکرات صادق قطب زاده ، صادق طباطبایی و هاشمی رفسنجانی با آمریکا و موافقت آیت الله خمینی با مذاکرات فوق ، پرده از نوعی تضاد و تعارض بین  مواضع ظاهری و پشت پرده بنیانگزار جمهوری اسلامی با دولت آمریکا بر می دارد.