فرجی دانا از پیش از آغاز جلسه علنی در صحن مجلس حضور داشت. اسحاق جهانگیری معاون اول رئیس جمهور، محمد جواد ظریف وزیر امور خارجه، قاضی زاده هاشمی وزیر بهداشت درمان و آموزش پزشکی ، گودرزی وزیر ورزش و جوانان و ولی الله سیف رئیس کل بانک مرکزی فرجی دانا را همراهی می کنند.
طرح استیضاح با امضا ۶۲ نماینده در صحن علنی مجلس بررسی می شود.
این استیضاح از تیرماه کلید خورد، اما علیرغم رایزنی های نمایندگان هفته گذشته اعلام وصول شد.این استیضاح با وساطت لاریجانی رئیس مجلس شواری اسلامی یکماه به تعویق افتاده بود.
طی هفته های گذشته و با طرح موضوع استیضاح وزیر علوم٬‌ بسیاری از دانشگاهیان سراسر کشور٬‌با صدور بیانیه هایی ضمن اعلام حمایت از اقدامات مثبت فرجی دانا٬‌ از استیضاح کنندگان انتقاد کرده و آن را طرحی سیاسی و اقدامی تلافی جویانه دانسته بودند.
علیرضا زاکانی به عنوان یکی از امضا کنندگان استیضاح، متن استیضاح وزیر علوم را خواند و سپس نماینده بم پشت تریبون قرار گرفت. وی گفت: شما مطمئن باشید دیگران هم مطمئن باشند از مجلس نهم مجلس ششمی بیرون نخواهد آمد. وی همچنین افزود:  به صلاح نیست شما در این پست باقی بمانید.
پس از وی، نماینده ورامین به عنوان سومین موافق استیضاح پشت تریبون قرار گرفت و به انتقادات خود از وزیر علوم پرداخت. انتقادات وی بیشتر به برپایی تشکل های سیاسی و حضوراصلاح طلبان در این تشکل ها به عنوان سخنران یا میهمان اختصاص داشت. وی از حضور محمد نوری زاد در یکی از میهمانی های وزارت علوم انتقاد شدید کرد. وی از بیان برخی مستندات خود در صحن علنی مجلس استنکاف کرد و مدعی شد آن ها را در اختیارعلی لاریجانی می گذارد. سخنرانی نقوی بیشتر ناظر برانتقاد از انتصابات فرجی دانا در زیر مجموعه وزارت علوم بود. وی در ادامه خواهان نمایش یک فیلم ضبط شده از جلسه ای در وزارت علوم شد. این فیلم در صحن علنی مجلس به نمایش درآمد. محتوای این فیلم در مورد رد صلاحیت یکی از منصوبان وزارت علوم در استعلام وزارت اطلاعات بود.
پس از سخنان نقوی، جعفری نماینده بجنورد به عنوان موافق و چهارمین سخنران پشت تریبون قرار گرفت و مدعی شد این استیضاح برای «فراهم کردن زمینه پیشرفت علم در کشور» است. وی گفت آهنگ تولید علم در کشور، آهنگ مناسبی نیست و ما در حال عقب نشینی در تولید علم هستیم.
پس از سخنان جعفری، آصفری نماینده اراک به عنوان پنجمین سخنران پشت تریبون قرار گرفت. وی گفت:  بعد از سال ۷۶ عده ای سعی کردند که با استفاده از دانشگاه ها قدرت را به دست بگیرند،  با این بی در پیکری و با این افراد مساله دار نمیشود دانشگاه را علمی کرد. وی مدعی شد شب نامه های سازمان مجاهدین خلق در برخی دانشگاه ها توزیع شده است. وی هم‌چنین مدعی شد در دانشگاه‌ها بیانیه هایی در حمایت از آنچه سران فتنه می خواند، توزیع شده است. آصفری در پایان سخنان خود عنوان کرد که به خاطر خدا این استیضاح را انجام داده است.
پس از سخنان نماینده اراک، مجددا ویدیویی پخش شد که سیدمحمد خاتمی در آن سخنرانی می کرد.
پس از این ویدئو، زارعی به عنوان سخنران آخر و ششم این استیضاح به عنوان موافق آن سخن گفت. سخنان وی با انتقاد ازانتشار لیست بورسیه های اعطا شده در دولت قبل آغاز شد و وی ازافشای نام افرادی که در لیست بوده است انتقاد کرد.
در ادامه لاریجانی به عنوان رییس مجلس از قسمتی از سخنان زاکانی انتقاد کرد. وی در بخشی از سخنانش گفته بود که : به نظرم بخش زیادی از وزرای محترم و رییس جمهور از بورسیه تحصیلی استفاده کرده اند. لاریجانی گفت: رییس جمهور بورسیه نبوده است و سخنان آقای زاکانی اشتباه لفظی بوده است.
پس از این سخنان، هروی نماینده قائنات به عنوان اولین مخالف استیضاح صحبت کرد. وی در بخشی از سخنانش اظهار داشت: رشد منفی و مثبت وافسار گسیخته بودجه دانشگاه های کشور نشان‌دهنده عدم مطالعه صحیح دارد. وی اظهار کرد: یکی از کارهای خوبی که وزارت علوم انجام داد این بود که به صورت قانونی با رشد منفی و مثبت بودجه دانشگاه ها برخورد کرد، نمایندگانی که می‌گویند فقط کارهای سیاسی صورت گرفته پس این کارهای اصولی چیست؟ وی درادامه افزود: از سال ۸۸ با یک فرمول من درآوردی و رانت غیرعلمی، افراد را بورسیه کردند. از بورسیه به عنوان یک رانت استفاده کرده اند و پس از آن استخدام های غیرقانونی را انجام دادند. وی گفت: در میان بورسیه ها افرادی هستند که مدرک کارشناسی گرفته اند که معدل زیر ۱۲ داشته اند. وی در ادامه اظهار کرد: دو جا در این قضیه تخلف آشکار قانونی انجام گرفته است؛ این افراد بدون طی کردن مراحل آزمون دکترا پذیرش شده اند و سپس به صورت غیر قانونی و بدون ضابطه استخدام شده اند.
پس از سخنان وی، جعفرزاده نماینده رشت به عنوان دومین مخالف استیضاح، پشت تریبون قرار گرفت. وی در بخشی از سخنانش گفت: ۷۰۰ نفر از بورسیه ها تابع هیچ قانونی نیستند. در پرونده ۲۷۰ نفر از بورسیه ها حتی یک برگه وجود ندارد. وی همچنین اظهار کرد: فرجی دانا برای انتصاب مدیرانش اختیار کامل را ندارد وافراد و نهادهای زیادی به وی اعمال فشار کرده اند. نماینده رشت درادامه گفت: یک عده می خواهند بین مجلس و دولت اختلاف بیندازند و به همین خاطراین استیضاح ترتیب داده شده است. وی پیش بینی کرد که فرجی دانا از مجلس اصولگرا رای اعتماد مجدد خواهد گرفت. جعفرزاده در پایان سخنانش به نمایندگان گفت: هشت سال به آن دولت کمک کردید، یک سال به این دولت کمک کنید. درهمین حین صدای قهقهه بلند یک نماینده مجلس از صحن علنی به گوش رسید.
پس از سخنان نماینده رشت، فرجی دانا وزیرعلوم برای دفاع از خود پشت تریبون قرار گرفت.
فرجی دانا گفت: روندی که امروز در وزارت علوم طی می شود، روندی ست که از ۶-۴ سال قبل آغاز شده است. وی گفت یکی از جامع ترین برنامه های مقاوم سازی اقتصاد در دانشگاه و وزارت علوم طراحی شده است. وی گفت اختلاف،«شیطان» است و نباید بگذاریم«شیطان» در میان ما نفوذ کند، اگر خطایی هم از من در عرصه اجرا سر زده است، شما کمک کنید که من این روند را در روند مدیریتی خود اصلاح کنم.
در میان سخنان فرجی دانا، ابوترابی فرد رییس مجلس، حضور«بشارحسین» رییس اتحادیه پست جهانی با هیات همراه را در صحن علنی مجلس خیرمقدم گفت.
فرجی دانا در ادامه سخنانش برای دفاع از خود به بخشی از بیانیه بسیج دانشجویی دانشگاه تهران در سال ۸۸ اشاره کرد و فضای سال ۱۳۸۸ را با این بیانیه ترسیم کرد. در ادامه فرجی دانا از افشاگری های صورت گرفته درباره بورسیه های دانشجویی انتقاد کرد و گفت: افشاگری از کجا وارد دین ما شد؟ این تذهبون؟
وزیرعلوم در ادامه دفاع از خود درباره نشریات دانشجویی عنوان کرد ۳۵۹۵ نشریه دانشجویی بدون تخلف در کشور داریم و تنها معدودی از نشریات تخلف دارند. وی گفت اگر در صحنه رشد علم و فناوری، همه دست به دست هم دهیم و بدویم، تازه به پای رشد علم در جهان می رسیم و می توانیم فاصله را حفظ کنیم. توقف مکرر این روند، برای رشد روند علمی کشور مضر است. فرجی دانا گفت چه بمانم و چه بروم درهیچ مقطعی از پاسخ به نمایندگان دغدغه دار دریغ نکرده و نمی کنم.
وی درباره هیئت های سه نفره اعزام شده به دانشگاه‌های مختلف، اعزام این هیئت ها را مطالبه اصلی دانشجویان دانشگاه‌ها برای آرام سازی فضای دانشگاه‌ها و تعویض روسای دانشگاه‌ها عنوان کرد. فرجی دانا کارکرد این هیئت را مطابق با آئین نامه ابلاغ شده به آنان عنوان کرد واعضای تشکیل دهنده این هیئت ها را ازاساتید رده بالای دانشگاه‌ها عنوان کرد. وی گفت در این هیئت ها به دلیل کثرت مطالبات دانشجویان، اندکی تخلف وجود داشته است که بنده هم از آن مطلعم و این تخلفات را در کمیسیون برای نمایندگان عنوان کردم. ۵۴ هیئت، از ۵۸ دانشگاه  بازدید کرده است، اما همه روسای دانشگاه‌ها تعویض نشده اند.
پس از گذشت حدود یک ساعت از سخنان فرجی دانا، علی لاریجانی ادامه جلسه استیضاح را به رای گذاشت و با ادامه جلسه با اکثریت آرا نمایندگان دنبال شد.
فرجی دانا درادامه سخنان خود به تشریح آئین نامه قانونی درخصوص دانشجویان ستاره دار پرداخت وعملکرد خود را درباره این دانشجویان و بازگشت آن‌ها به دانشگاه‌ها کاملا قانونی عنوان کرد.
فرجی دانا درادامه، نامه وزیراطلاعات به خود را درخصوص ۱۲۶ دانشجوی ستاره دار در صحن علنی مجلس خواند. متن نامه هم حکایت ازعدم پاسخ مثبت وزارت اطلاعات به لیست ۱۲۶ نفره دانشجویان ستاره دار دارد. وی حق این ۱۲۶ دانشجو را طی دوسال محرومیت از تحصیل،«تضییع شده» عنوان کرد واز نمایندگان خواست از مسئولین قبلی بابت تضییع حقوق ۱۲۶ دانشجو پاسخ بخواهند.
درادامه دفاع مشروح فرجی دانا ازعملکرد خویش، وی از ده دقیقه وقت خود صرف‌نظر کرد تا جریان استیضاح سریع تر انجام شود.
پس از سخنان فرجی دانا، بیژن نوباوه پشت تریبون قرار گرفت و درخواست نمایش فیلمی را کرد که محتوای آن جمع بندی گزارش رسانه های بی بی سی و صدای آمریکا بود. وی از نمایش این فیلم نتیجه گرفت که بین رسانه های داخلی و خارجی، هماهنگی در دفاع از وزیرعلوم  وجود داشته است و این هماهنگی توسط وی رصد و ردیابی شده است. وی درادامه گفت: مسئله ما فراترازاستیضاح است و «ما نگرانیم».
درمیان سخنان نوباوه، علی لاریجانی به پخش سخنان رضا علیجانی فعال ملی- مذهبی که از تلوزیون بی بی سی ضبط شده بود، در صحن علنی مجلس اعتراض و از پخش ادامه این فیلم  درمجلس جلوگیری کرد.
در ادامه استیضاح، الیاس نادران هم به عنوان موافق استیضاح وزیرعلوم صحبت کرد و همان مسائلی را که دیگران مطرح کرده بودند را در سخنان خود بیان کرد. وی خطاب به فرجی دانا گفت: شما مدیریت نمی کنید، دیگران بر شما مدیریت می کنند، مسائل وزارت علوم با رفتن یا نرفتن دو معاون شما هم حل نمی‌شود. وی ادامه داد: ۱۳ اخراجی دانشگاه پیام نور که به کار بازگشته‌اند، مفاسد اخلاقی داشته و دختران دانشجو را آزار و اذیت می کرده اند. وی ادعا کرد: دانشجویان دختر از دست آن‌ها خودکشی کرده اند.
پس از سخنان نادران، وزیرعلوم مجددا برای مدت نیم ساعت پشت تریبون قرار گرفت و به دفاع ازعملکرد خود پرداخت. وی سخنان نوباوه و نادران را ناشی ازارائه گزارش‌های بعضا نادرست عنوان کرد و در ادامه به تشریح مفاد قانونی پیرامون بورسیه های وزارت علوم پرداخت. وی معدل لازم برای ارائه بورسیه را برای مقطع کارشناسی ۱۴و کارشناسی ارشد ۱۶عنوان کرد. وی گفت تخلفاتی در ارائه این بورسیه ها به افرادی که واجد صلاحیت لازم برای دریافت آن‌ها نبوده اند، وجود داشته است.
وزیرعلوم، اطلاعات ارائه شده در فضای مجازی را محکوم وانتساب افشای اطلاعات را به مدیران وزارت علوم رد کرد. هم‌چنین از ورود وزارت اطلاعات و حراست وزارت علوم به این پرونده و شکایت از فردی که این اطلاعات را در فضای مجازی منتشر کرده است، خبر داد. وی گفت: هر کدام از بورسیه های خارج از کشور، از۶۰۰ میلیون تا یک میلیارد تومان هزینه برای کشوردارد.هم‌چنین گفت که از تعداد بورسیه های غیرقانونی تعداد ۷۹ نفربرای مقطع کارشناسی و۷۰ نفر برای کارشناسی ارشد اعطا شده است. وی توضیحات خویش را با نمایش اسلایدهایی در مجلس به نمایندگان ارائه می داد.
فرجی دانا گفت: برخی از نمایندگان مرا متهم لج‌بازی کردند؛ عرصه علم و فناوری عرصه لج‌بازی نیست و اساسا مگر می شود وزارت علوم در دولت اپوزیسیون نظام باشد؟
وی گفت: وزیرعلوم همواره پاسخ‌گوی مدیران نصب شده انقلابی در دانشگاه‌ها و وزارت علوم خواهد بود. وی در قسمت انتهایی سخنان خود، مجددا بر اهداف وزارت علوم در پیشبرد اهداف جمهوری اسلامی و دولت در این وزارت‌خانه تاکید کرد.
پس از سخنان فرجی دانا، علی لاریجانی رییس مجلس عنوان کرد که وزارت اطلاعات در استعلام وزارت علوم، تنها درباره یکی از دانشجویان پاسخ منفی داده است.
وی به وزیرعلوم پیشنهاد کرد اگر با تغییر یا جابجایی یکی دو مدیر در وزارت علوم نظر نمایندگان تامین می شود، وزیر نسبت به جابجایی آن ها اقدام کند.
در همین لحظه اسحاق جهانگیری معاون اول رییس جمهور طی پیامی به رییس مجلس عنوان کرد دولت به نظر مجلس احترام می گذارد واین جابجایی ها را انجام خواهد داد.
در ادامه جلسه، کارت های رای گیری در میان ۲۶۸ نماینده حاضر در جلسه توزیع شد.
وزیرعلوم با کسب  ۱۴۵رای موافق، ۱۱۰رای مخالف و ۱۵رای ممتنع از وزارت علوم برکنار شد.