تا قبل از انتخابات اقلیتی از چهره های ارشد روحانی از روحانی حمایت کردند. مجمع روحانیون مبارز در روز های آخر از مردم دعوت کرد تا به روحانی رای بدهند.  جامعه مدرسین حوزه علمیه قم و جامعه روحانیت مبارز تهران از اصول گرایان پشتیبانی  کردند و کاندید مورد نظر اکثریت جامعه مدرسین  علی اکبر ولایتی  بود. جامعه روحانیت مبارز تهران رسما از کاندیدایی حمایت ننمود. 

اما جهت گیری اکثریت اعضاء به سمت محمد باقر قالیباف بود  . آیت الله مهدوی کنی دبیر کل جامعه روحانیت مبارز تلاش کرد از میان مراجع ، مدرسین ، محققین و خطباء    آیت الله صانعی ، آیت الله بیات  ، آیت الله دستغیب  ،حجج اسلام حسن خمینی، علی اکبر ناطق نوری ، سید محمد خاتمی ، رسول منتجب نیا  ،مجید انصاری ، احمد منتظری، مسیح مهاجری و ... به صورت علنی از روحانی حمایت کردند.  آیت الله موسوی اردبیلی تلویحا نظر مثبتی به روحانی   داشت  اما به صورت رسمی و علنی به میدان نیامد. مراجع سنتی سکوت ورزیدند و تمایلی به مشارکت در انتخابات نداشتند. مراجعی که هوادار نظام سیاسی هستند عمدتا به نفع چهره هایی چون ولایتی و قالیباف نظر داشتند. سعید جلیلی از حمایت چهره هایی چون علوی گرگانی  ،هاشمی بوشهری ، روح الله حسینیان ، پناهیان،  مصباح یزدی و ... برخوردار بود.  

در کل روحانی مورد نظر اکثریت جامعه روحانی هوادار نظام  نبود. اما در سطح جمعیت کل روحانیت در کشور بمانند بخش های دیگر جامعه او بر دیگر کاندیدا ها ترجیح داده می شد. اما حمایت بخش های عرفی گرا و غیر سنت گرا  منجر به پیروزی او در دور اول شد. وجهه روحانی ، رئیس دولت یازدهم  در انتخاب وی نقش تعیین کننده نداشت. او نیز در دوران فعالیت های تبلیغاتی اش توجه خاصی به استفاده از عنوان روحانی و دانش آموختگی خود در حوزه علمیه ننمود و بر عکس وجهه حقوق دان و مدارک دانشگاهی خود را برجسته ساخت. بنابراین رای آوردن او را نمی توان به حساب نظر مثبت جامعه به روحانیت گذاشت. اما این انتخاب این تصور را قوت می بخشد که از نگاه اکثریت ملت ایران روحانی بودن به خودی خود تعیین کننده نیست  و منزلت نمی آورد. بلکه قضاوت در خصوص  دیدگاه ها  و مواضع فرد روحانی صورت می گیرد.

 روحانی همانطور که در فضای سیاسی حاکمیت در نقطه وسط قرار دارد در طیف دیدگاه های جامعه نسبت به روحانیت ، در حد میانه دو قطب متضاد روحانیت سالاری و آخوند ستیزی قرار می گیرد. انتخاب او این پیام را می دهد که بخش مهمی از نیرو های معترض به وضع موجود با اصل روحانیت مشکل ندارد  و در عین حال توجه و امتیاز ویژه ای نیز برای روحانیت در عرصه سیاسی  و راهبری جامعه قائل نیست. بنابراین انتخاب روحانی به معنای روی گردانی اکثریت مردم ایران از  فتوای سیاسی و نظام سیاسی ولایت فقیه است. در عین حال نشان می دهد دیدگاه هایی که به دنبال حذف نهاد روحانیت هستند و حضور آنها در عرصه سیاسی را به صورت مطلق رد می کنند  ،جایگاهی جدی در ایران ندارند. 

اینک روحانی حمایت اکثریت روحانیت کشور و نظام را در پشت سر خود دارد. روحانیت هوادار نظام اگرچه چهره هایی چون قالیباف و ولایتی را بر وی ترجیح می دادند اما اکنون چون بخش تندروی اصول گرایان و گفتمان سوم تیر شکست خورده خشنود هستند. آنها امیدوار هستند دوره ریاست جمهوری روحانی منجر به بازگشت کشور به دوران پیش از سال 1384 شود. پیوند های دیرینه روحانی با روحانی های جناح راست و عضویت در جامعه روحانیت مبارز تهران نیز در این خوشبینی موثر است. 

شکاف های در بین روحانیت مدافع اصول گرایان پیش از انتخابات بالا گرفته بود و آنگونه که شیخ محمد یزدی روایت کرده است جامعه مدرسین حوزه علمیه قم در آستانه تجزیه قرار گرفته بود. (1)  وی مصباح یزدی را به خاطر دامن زدن به اختلاف سرزنش می کند. آنگونه که رئیس اسبق قوه قضائیه می گوید ، اکثریت اعضاء جامعه مدرسین به علی اکبر ولایتی رای می دهند. اما اعضائی چون عبداللهی ، کعبی و بوشهری اعتبار رسمی  جلسه فوق العاده جامعه مدرسین و حمایت از ولایتی را زیر سئوال می برند. این کار موجب بر آشفتگی یزدی و دیگر اعضاء قدیمی جامعه می شود. یزدی انگشت اتهام را به سمت مصباح یزدی می برد. اما اگر چه افراد فوق رابطه خوبی با مصباح یزدی دارند اما وفا داری اصلی آنها به خامنه ای است. بنابراین می توان نتیجه گرفت شکاف بین جامعه مدرسین  و رهبری ایجاد شده است. این شکاف قبلا در اندازه ای محدود تر نیز وجود داشت که منجر به عدم حضور برخی از اعضاء قدیمی در جلسات جامعه مدرسین شد اما تا کنون شیخ محمد یزدی اجازه نمی داد این شکاف علنی شود و مواضع  جامعه مدرسین را در پیروی کامل از رهبری تنظیم می نمود. بر مبنای برخی اظهارات ، مواضع جامعه مدرسین در سال های گذشته بیشتر توسط شخص شیخ محمد یزدی اعلام شده است تا اینکه جلسه ای برگزار گردد و حد نصاب های مصوبات رعایت گردد. حال شیخ محمد یزدی نیز از بخش تندروی اصول گرایان فاصله گرفته  و به دیدگاه های وسط و ائتلاف معتدلین دو جناح روی خوش نشان داده است. امری که هنوز معلوم نیست تجدید نظر در مواضع وی و یا برخوردی گذرا است. اکنون جامعتین می کوشند تا از فرصت ریاست جمهوری روحانی  ،آسیب های متحمل در طول 8 سال ریاست جمهوری احمدی نژاد را جبران نمایند . 

روحانیت اصلاح طلب و آزاد اندیش نیز خوشحال هستند که فضای پلیسی کاهش یافته  و اوضاع برای فعالیت های اصلاح طلبانه مساعد می گردد. 

روحانیت سنتی و غیر سیاسی نیز امیدوارند فشار ها بر حوزه های علمیه کمتر شده و بحران اقتصادی  و سیاست خارجی کاهش یابد. این امور باعث می شود اگر چه روحانی گزینه مطلوب این بخش از روحانیت نیست اما از حضور وی در ساختمان ریاست جمهوری راضی باشند. 

این امور باعث می شود تا فعلا روحانی حمایت خوبی از ناحیه جمعیت روحانی کشور داشته باشد امری که محمود احمدی نژاد نداشت و البته خود نیز تمایلی به این مساله نداشت. ولی روحانی در جریان سفر به قم نشان داد که نه تنها نظر مثبتی نسبت به روحانیت دارد بلکه روی استفاده از ظرفیت حوزه های علمیه حساب باز کرده است.