بنا به گزارشهای رسیده از شهر مقدسم قم، آيت‌الله وحيد خراساني در بيست و پنجمين اجلاسيه اساتيد سطوح عالي حوزه علميه قم با حضور بيش از هفتصد تن از اساتيد سطوح عالي و خارج در فاطميه دفترشان برگزار شد، بار دیگر بر استقلال حوزه علمیه سنتی در برابر زیاده خواهی ها وتمامیت خواهی های رژیم مطلقه تأکید نموده واظهار داشتند: " حوزه به هيچ شخص و شخصيت و سياستي تعلق ندارد و بايد فاني در خدا و امام زمان (عجل الله تعالی فرجه) باشد، راه اين است و همه مورد حساب دقيق قرار مي‌گيريد.ايشان در پايان اظهار داشتند: از ما حساب خواهند كشيد كه شما با خون سيد الشهداء(علیه السلام) چه كرديد؟ همان امامي كه طبق روايتي از امام صادق(علیه السلام) هيچ ملكي در آسمان و هيچ پيامبري نيست مگر اينكه آرزو دارد خداوند به او اجازه زيارت قبر امام حسين(علیه السلام) را بدهد. خون سيد الشهداء ريخته شد تا اين دين و مذهب باقي بماند.

به نظر می رسد این سخنان آیت الله العظمی وحید خراسانی درپاسخ به اظهارات چند روز گذشته حسینی بوشهری، مدیر حوزه های علمیه باشد که درآن ر ضرورت تبیین سیاستهای نظام مطلقه توسط روحانیون وترویج مبانی انقلاب در حوزه های علمیه تأکید کرده بود.

این نخستین بار نیست که آیت الله العظمی وحید خراسانی ضمن پاسخ تلویحی به اظهارات روحانیون درباری رژیم مطلقه، بر ضرورت استقلال حوزه در عمل پای می فشارد. پیش تر نیز علی خامنه ای بر ضرورت تبیین سیاستهای نظام در سطح حوزه های علمیه وتعریف مأموریت های حکومتی برای حوزه های علمیه وطلاب تأکید نموده بود.

مرز بندی سیاستهای استقلال طلبانه آیت الله العظمی وحید خراسانی در برابر زیاده خواهی حوزه های حکومتی روز به روز آشکارتر می شود. همچنانکه برخی تذکرات آیت الله العظمی وحید درباره وضعیت فرهنگی ومذهبی کشور رژیم مطلقه را بویژه در میان متدینین ومذهبیون جامعه به چالش کشیده است.

موضوع عدم دیدار آیت الله العظمی وحید خراسانی از علی خامنه ای در جریان سفرهای متعدد وی به قم وخروج آیت الله العظمی وحید از شهر قم ساعاتی پیش از ورود علی خامنه ای به این شهر را کارشناسان امور حوزوی نشانه اعتراض صریح آیت الله العظمی وحید وعدم مشروعیت رهبری علی خامنه ای در نزد ایشان می دانند.

در آرایش نیروهای داخلی حوزه آیت الله العظمی وحید خراسانی را می توان درکنار آیت الله العظمی سید صادق شیرازی  یکی از مهمترین ومؤثرترین چهره های مرجعیت مستقل سنتی ایستاده در برابر رژیم مطلقه قلمداد نمود که تا کنون وعلیرغم فشارهای مکرر هیچگاه حاضر به انجام هرگونه اقدام مشروعیت بخش به رژیم مطلقه از جمله رأی دادن ویا دیدار با رهبر رژیم نشده اند.

همچنین آیت الله العظمی وحید خراسانی در بخش دیگری از بیاناتشان ضمن اشاره به فرا رسیدن ماه محرم وسالروز شهادت سرور وسالار شهیدان حضرت اباعبدالله الحسین صلوات الله وسلامه علیه اظهار داشتند: "اگر حقايق مذهب شيعه بر مردم روشن شود، ريشه تمام افكار انحرافي را مي‌كند.روابط عمومي اجلاسه اساتيد سطوح عالي حوزه علميه قم گزارش داد،  آيت‌الله وحيد خراساني حل معضل جريان‌هاي تكفيري را در سوره "عصر" دانستند و اظهار داشتند: طبق اين سوره مباركه، تمام بشريت در خسران و ضرر هستند مگر كساني كه اولا ايمان آورده‌اند و عمل صالح انجام داده‌اند كه اشاره به بعد فردي دارد و ثانيا يكديگر را به حق و صبر سفارش مي‌كنند كه به جنبه اجتماعي اشاره دارد."

ايشان افزودند: عمل به اين سوره به همان ترتيبي كه آمده دنيا را منقلب مي‌سازد؛ يعني اول بايد از خود شروع كنيم و بعد ديگران را به حق و صبر دعوت كنيم و علت اثر نكردن حرف‌ها اين است كه به دو امر نخستين عمل نشده است.اين مرجع تقليد به جايگاه رفيع و رسالت سنگين اساتيد حوزه علميه اشاره كردند و گفتند: شما اساتيد فقه هستيد و در ابتدا بايستي جايگاه فقه را بشناسيد؛ فقه مذهب شيعه غوغايي از معرفت است و متصديان آن شماييد.

آيت‌الله وحيد خراساني با اشاره به روايتي از حضرت امام حسن عسكري(علیه السلام) اظهار داشتند: كسي كه از امام خويش جدا شده است، از كسي كه پدرش را از دست داده، يتيم‌تر و كفالت از او والاتر است و كار شما كفالت اين ايتام است و طبق اين حديث شريف هر يك از علماي امت كه يكي از اين يتيمان را از حيرت جهالت نجات بخشد در عرش اعلي همنشين پيامبر اكرم(صلی الله علیه واله) و اهل بيت(علیهم السلام) است.ايشان افزودند: اگر حقايق مذهب شيعه بر مردم روشن شود، ريشه تمام افكار انحرافي را مي‌كند، ولي قرآن و ائمه معصومين محجوب به اوهام و اعمال ما هستند.

اين مرجع تقليد حكومت امیرالمومنین (علیه السلام) را حكومت واقعي اسلامي معرفي كردند كه دنيا را منقلب مي‌كند و اضافه كردند: با وجود اينكه تمام جهان آفرينش در اختيار امير مومنان بود، خوراكشان سه لقمه نان جو با نمك بود و مي‌فرمودند: اين طعام را مي‌خورم تا مبادا كسي در حجاز و يمامه باشد كه سفره من از او رنگين‌تر باشد. سپهسالارش، مالك اشتر هم وقتي مورد بي‌احترامي قرار مي‌گيرد، به مسجد مي‌رود و براي شخص توهين‌كننده طلب آمرزش مي‌كند.