با مرگ مصطفی، نام به محاق رفته آیت‌الله خمینی، بر سر زبان‌ها افتاد. نقطه شروع اوج‌گیری آیت‌الله خمینی، مرگ عجیب مصطفی خمینی بود. خود آیت‌الله خمینی نیز فوت وی را الطاف خفیه الهی نامید.

زندگی و فرجام مصطفی خمینی یکی از موضوعات مهمی  است که چندان مورد توجه قرار نگرفته است.  فهم درست از نقشی که وی در زندگی سیاسی و مبارزات پدرش ایفا کرد و هم‌چنین نوع مناسبات آن‌ها و اختلاف نظر و اشتراک دیدگاه‌های آن‌ها دریچه‌های تازه‌ای به روی تحولات انقلاب و چگونگی شکل گیری آن می‌گشاید. 

اگر چه امروز احمد خمینی و خانواده‌اش امتداد بیت آیت‌الله خمینی و ادامه  وجودی راه وی محسوب می‌شوند اما در ۳۶ سال پیش چنین نبود و مصطفی خمینی، معروف‌ترین پسر آیت‌الله بود و اداره بیت وی و انجام امور فقهی و ارتباط با سیاسیون و نیرو‌های حامی را برعهده داشت. حتی در اول انقلاب نیز حسین خمینی نام‌دارترین نوه آیت‌الله خمینی بود  و بعد از سید احمد خمینی و حاج شهاب اشراقی مهم‌ترین عضو خانواده بنیان‌گذار جمهوری اسلامی محسوب می‌شد.

خانواده مصطفی خمینی نیز مدت زمان کوتاهی نگذشت که از جمهوری اسلامی فاصله گرفتند و حتی در برابر آن قرار گرفتند. در همان دوران حاکمیت بلامنازع آیت‌الله خمینی بر کشور، خمینی‌های دیگری بودند که به جرگه مخالفین و ناراضیان پیوستند. حسین خمینی در برابر حزب جمهوری اسلامی و جریان خط امام ایستاد و با پدر بزرگ زاویه پیدا کرد، با وی مخالفت نمود و مغضوب واقع گشت. که گفته می‌شود آیت‌الله مجوز قتلش را نیز در صورت مقاومت در برابر ماموران صادر کرده بود.

مریم، خواهر حسین نیز به حوزه زندگی شخصی خود  فرو رفت و سال‌ها است که در ایران زندگی نمی‌کند. همسر مصطفی خمینی، خانم معصومه حائری یزدی نوه بنیان‌گذار حوزه علمیه قم نیز حضوری در مجامع عمومی ندارد. او علاقه‌ای به مسائل سیاسی نیز ندارد و در عین حال وی و فرزندانش هیچ‌گاه در طول سه دهه گذشته در مراسم رسمی جمهوری اسلامی و حتی مسائلی که مربوط به بیت آیت‌الله خمینی بوده است حضور نداشته‌اند. 

البته در دوره رهبری خامنه‌ای نیز به تدریج تمامی اعضای خانواده آیت‌الله خمینی با گرایش غالب حکومت مشکل پیدا کردند. الان جای‌گاه آن‌ها در بخش اصلاح‌طلب محافظه‌کار است ولی همه آن‌ها به درجاتی به وضع موجود معترض هستند. 

یکی از ویژگی‌های خاص نظام جمهوری اسلامی این است که از ابتدا  بخشی از  منسوبین نسبی بنیان‌گذار آن با سیاست‌های حاکم همراهی نداشته‌اند و در ادامه نیز تمامیت آنها به جرگه مخالفین و یا اصلاح‌طلبان پیوسته‌اند. 

اگر طبق برخی نظریه‌ها، پیدایش انقلاب‌ها را نتیجه بهره جستن از واقع جهش‌بار  و یا شتاب‌دهنده    بدانیم، آن‌گاه مصطفی خمینی پیش قراول انقلاب اسلامی است. مرگ غیر‌منتظره او نقطه عزیمت رهبری سیاسی آیت‌الله خمینی و شروع  تجمعات و تظاهرات‌هایی  بود که در نهایت طومار حکومت پهلوی را در هم پیچید.

با مرگ مصطفی خمینی نام آیت‌الله خمینی که در عرصه عمومی ایران به محاق رفته بود و  جز جمع اندکی در داخل و خارج ایران پی‌گیر وی نبودند بر سر زبان‌ها افتاد. نقطه شروع  اوج‌گیری آیت‌الله خمینی مرگ عجیب مصطفی خمینی بود. خود آیت‌الله خمینی نیز فوت وی را الطاف خفیه الهی نامید و این چنین توضیح داد: «برای همه مردم پیش می‌آید و خداوند تبارک و تعالی الطافی دارد به ظاهر و الطافی خفیه است. یک الطاف خفیه‌ای خدای تبارک و تعالی دارد که ما علم به آن نداریم اطلاعی بر او نداریم، و... از این جهت در این طور اموری که پیش می‌آید جزع و فزع می‌کنیم، صبر نمی کنیم.»

تا قبل از این ماجرا ذکر نام آیت‌الله خمینی در داخل کشور ممنوع بود و وی از حافظه جاری و زنده جامعه کنار رفته بود. محمد رضا حکیمی به خوبی این وضعیت را در جمله زیر توصیف کرده است:  «به هر حال روح خدا تنها ماند و فریاد "من انصاری الی الله" او را "نحن انصار اللهی" برنیامد.»

اما بر خلاف دیدگاه رسمی و نظر نزدیکان آیت‌الله خمینی، مصطفی خمینی به لحاظ سیاسی به صورت کامل با نظرات پدرش موافقت نداشته است. اختلافات آن‌ها علاوه بر مشرب فقهی و دیدگاه‌های مربوط به  الهیات در حوزه سیاست نیز جاری بوده است. این مساله از نقاط مغفول تاریخ بعد از انقلاب است. عمده صحبت‌هایی  که تا‌کنون در خصوص مشی سیاسی مصطفی خمینی عنوان شده است جنبه شعاری و کلی گویی داشته و ثانیا از سوی جریان حاکم و در تحکیم و تایید روایت دل‌خواه حکومت عنوان شده است. 

دو فراز از زندگی مصطفی خمینی اهمیت کلیدی دارد. نخست مرگ نابهنگام وی و تاثیرات خواسته و ناخواسته سیاسی آن و دیگری مواضع سیاسی و دیدگاه وی پیرامون حکومت شاه در سالیان پایانی عمر.

در مطالب پیش رو کوشش می‌شود با توجه به منابع موجود مباحثی را در این دو حوزه مطرح ساخت و پرده‌های پنهان و غبار گرفته در طول زمان را کنار زد.