نگاه عرفانی را نیز نمی‌توان بالکل نادیده گرفت. فاطمه سلطانی طباطبایی می‌گوید آیت الله خمینی روایتی را در خصوص ضرورت خویشتن‌داری صاحب عزا این چنین تعریف می‌کند:

«من اتاق بالا نشسته بودم دیدم جماعتی آمدند، احمد آمد گفت: آقا! دوستان و شاگردان داداش خیلی بی‌تابند، خیلی اظهار ناراحتی می‌کنند این‌ها بیایند شما را ببینند و شما بهشان دل‌داری بدهید، آقا گفتند: باشد بیایند، من خیلی تعجب کردم، گفتم این جوان‌ها باید به پدر تسلیت بگویند در حالی‌که این‌ها احساس می‌‏کنند باید از آقا دل‌داری بگیرند، من اتاق بالا نشسته بودم، مشرف بود به حیاط همه آمدند و در حیاط نشستند، فقط هر کدام از این‌ها تا وارد می‌شدند با صدای بلند گریه می‌کردند ولی آقا خیلی محکم نشسته بودند تا آن‌ها مفصل گریه‌هایشان را کردند. بعد آقا شروع کردند صحبت کردن که صحبت‌های آقا نوشته شده و موجود است. بعد که تمام شد، آقا آمدند به اتاقی که من نشسته بودم.»

وی در ادامه گفت: «وقتی وارد شدند گفتند که من خیلی متأثرم برای شما. گفتم: چرا؟ گفتند: خیلی بد از شما پذیرایی شد، شما مهمان ما بودید و این طور این‌جا اذیت شدید، و ما نتوانستیم خوب پذیرایی کنیم ولی ما چقدر ضعیف هستیم در این مسائل، بعد قصه آن عارفی را نام برد که به نظرم آقای ملکی باید باشد که روز عید بوده و همه دور هم بودند که این آقا صدای فریادی می‌شنود می‌رود بیرون برمی‌گردد و می‌گوید چیزی نبود، بعد ناهار می‌دهد و عید که برگزار می‌شود مهمان‌ها که از در می‌روند بیرون، به دو نفر از شاگردانش می‌گوید شما بمانید من به شما احتیاج دارم کمک من کنید، بعد از این‌که همه می‌روند به این دو نفر می‌گوید فرزند من در حوض افتاده و خفه شده و من نمی‌خواستم عید این‌ها خراب بشود.»

روایت فوق شیفتگی آیت الله خمینی را به این تفسیر از عرفان نشان می‌دهد که در آن ناراحتی و گریه در مصیبت فرزند در آن جایی ندارد وعلامت ضعف تلقی می‌شود.

انتساب «الطاف خفیه الهی» بر مرگ مصطفی خمینی دیگر موضوع گمانه‌ای است که روی آن مانور داده می‌شود. حجت الاسلام فردوسی پور مدعی است آیت الله منتظری، مشکینی و برخی دیگر از مدرسین حوزه علیمه قم نسبت به این سخن آیت الله خمینی اعتراض کرده بودند. اما این سخن دلیل بر توطئه نمی‌شود بلکه نشان‌گر نگاهی است که آیت الله خمینی به استفاده از موقعیت مرگ پسرش در مسیر مبارزه دارد. پسری که از دست رفته و چندان نیز با وی در مشی سیاسی هم‌راه نبوده است.

شاید چالش برانگیز‌ترین اقدام آیت الله خمینی مخالفت با انجام کالبد شکافی بوده است. در خصوص دلایل این کار دو روایت وجود دارد.

نخست همسر مصطفی می‌گوید: «وقتی خواستند از جسد وی کالبد شکافی به عمل آورند، حضرت امام اجازه این کار را ندادند و فرمودند: عده‏‌ای بی‌گناه دستگیر می‏‌شوند و دستگیری این‌ها، دیگر برای ما آقا مصطفی نمی‏‌شود. به هر حال از طرف دولت بعث عراق نیز از اعلام نظر پزشکان جلوگیری شد و اجازه ندادند، پزشکان نظر خود را اعلام کنند و حتی آنان را نیز تهدید کردند؛ چون صد در صد عارضه ایشان، مسمومیت بود.»

اما روایت دیگر را سید علی اکبر محتشمی پور چنین شرح می‌دهد: «کسی که از دنیا رفته، محترم است. گیریم کالبد شکافی بشود و ثابت شود او مسموم شده، چه دردی دوا می‌شود. او که زنده نمی‌شود و حیات جدیدی نمی‌گیرد. این کار جز این که به یک انسان مومن که از دنیا رفته هتک حرمت شود، فایده ندارد.»

استدلال در مورد دولت عراق موجه به نظر نمی‌رسد. دولت وقت عراق منافعی در جلوگیری از اعلام مسمومیت احتمالی مصطفی خمینی نداشت. حتی اگر نیز چنین بود تقاضا و اقدام برای این کار می‌توانست سندی قابل اعتنا برای اثبات مسمومیت باشد. در این راه اگر چند نفر زندانی نیز می‌شدند می‌ارزید. چون نهایتا آن‌ها آزاد می‌شدند. اما دلیل دوم قابل درک تر است. در آن زمان کالبد شکافی نه تنها امر مرسومی نبود بلکه نگاه منفی به آن وجود داشت.

حسین خمینی این نگاه را چنین توصیف می‌نماید: « ... در بیمارستان، دکتر ایادعلی البیر برای معاینه ایشان آمد و گفت: مع الأسف، ایشان فوت کرده و مرگش هم عادی نیست. اگر اجازه بدهید بنده ایشان را کالبد شکافی کنم، این مساله را ثابت می‌‏کنم. ایشان جراح و فارغ التحصیل از دانشگاه سلطنتی لندن بود. پیکر مرحوم والد کالبد شکافی نشد؛ چون آن موقع کالبد شکافی از نظر عرفی، کار منکری به حساب می‏‌آمد، شرع هم جوازی برای آن قایل نبود، بخصوص که در مورد شخصی مثل مرحوم والد قبح این مسأله بیشتر بود و نوعی بی‏‌احترامی محسوب می‌‏شد. طبیعی بود که امام هم، چنین اجازه‌‏ای ندهند»

اما ژرف کاوی موضع‌گیری‌های آیت الله خمینی بعد از مرگ پسر ارشدش فرضیه‌ای را قوت می‌بخشد که وی با علم به مرگ طبیعی مصطفی خمینی تمایل داشته است تا موضوع در پرده ابهام بماند و تردید ایجاد شده بدون این‌که مسوولیتی را متوجه آیت الله خمینی بکند تصور مشکوک بودن مرگ وی در جامعه القا شود.

پیامد این کار تحریک جامعه به اعتراض بود و حس شهید دادگی نیز مظلومیت و حقانیت آیت الله خمینی را تقویت می‌ساخت. انجام کالبد شکافی مشخص می‌ساخت که مرگ غیر طبیعی نبوده است. آیت الله خمینی از شیوه قرار دادن مسائل در هاله تردید و ابهام با هدف بهره گیری سیاسی در مقاطع مختلف استفاده کرد از جمله می‌توان به اظهار نظر پیرامون دیدگاه‌ها و آثار دکتر علی شریعتی اشاره کرد. بنابراین به احتمال زیاد آیت الله خمینی به این دلیل با بررسی علمی چگونگی مرگ پسرش موافقت نکرد و به صورت آگاهانه از آن فرصتی برای گسترش مبارزات و برنامه سیاسی خود ساخت.

از سوی دیگر اگر ادعای مسمومیت مصطفی خمینی توسط نیرو‌های انقلابی جدی بود، علی القاعده ساواک باید به تحقیق در این خصوص و دنبال کردن سر نخ‌ها می‌پرداخت. اما چنین چیزی در اسناد ساواک وجود ندارد.

در مجموع با توجه به مبحثی که مطرح شد فرضیه توطئه نیرو‌های انقلابی برای مرگ مصطفی خمینی پشتوانه منطقی و موجه ندارد و احتمال درستی آن ناچیز و به مراتب کمتر از ادعای مسمومیت وی توسط ساواک و استخبارات عراق است. اگر چه اظهار نظر قطعی در این خصوص نیازمند رفع سانسور‌های حکومتی و دست‌رسی به تمامی منابع است.