رسام؛ واحد تحقیق وپژوهش

آغاز حکومت آیت الله خمینی پس از انقلاب 57 فصلی تازه والبته پرتنش از اختلاف وتقابل را میان حکومت برآمده از انقلاب والهام گرفته از حرکتهای کمونیستی با مرجعیت سنتی شیعه را رقم زد.

ریشۀ این اختلافات را می توان در چند بخش واز چند دورۀ تاریخی بررسی نمود، دسته ای از اختلافات که به مبانی عقیدتی آیت الله خمینی دربارۀ فلسفه وعرفان باز می شگت که پیشتر شرح آن رفت. اختلاف نظر این گروه از مراجع وعلما، از منظر تاریخی به پیش از پیروزی انقلاب واعلام مواضع سیاسی آیت الله خمینی باز می گشت. آیت الله خمینی خود بمناسبتهای گوناگون به این اختلافات اشاره می کند ودر تلاش برای ترور شخصیت مخالفان مشرب فلسفی – عرفانی اش آنها را با القاب وعناوینی چون متحجرین خشکه مقدس ها ویا در جایی یا عنوان مقدس نما، یاد می کند ودر تلاش برای توجیه عدم پذیرش عقاید خود در محافل سنتی واصیل حوزه، مخالفان حوزوی اش را به عدم درک مفاهیم عمیق وبلند (!!) فلسفی وعرفانی متهم می نماید. این جهت گیری آیت الله خمینی را بویژه پس از پیروزی انقلاب ایران، روشنتر وشفاف تر می توان یافت. در جریان مبارزه برای سرنگونی شاه، آیت الله خمینی با درک این مطلب که ابراز آشکار عقاید فلسفی اش ممکن است لبۀ تیز نقد طیف سنتی را متوجه وی نماید از تظاهر آشکار به عقاید منحرف  فلسفی اش خودداری نمود.اما بعدتر وپس از پیروزی انقلاب اسلامی بمناسبتها وعناوین مختلف بر این طیف از مخالفان خود تاخت وآنانرا مورد هجوم وطعن قرار داد. چنانکه پیشتز نیز اشاره شد وی در مجلس تفسیر سورۀ حمد، که پس از انقلاب آنرا آغاز نمود، آشکارا به بیان عقاید فلسفی وعرفانی خود که در نظر بسیاری از صاحب نظران حوزه، کفرآمیز بودند، میپرداخت واز توهین وتحقیر وگاه وبیگاه مخالفان فکری اش هم ابایی نداشت. در جسلۀ سوم این سلسله دروس آیت الله خمینی به صراحت مخالفان عقیدتی اش را به حیواناتی که درک ندارند، تشبیه می نماید ومی گوید:
 " بعضیها از مسائل فلسفى- با اینكه فلسفه یك علم رسمى است- چنان رم مى‏كنند كه خیال مى‏كنند یك مارى است.
 این دست موضع گیرها در دیگر آثار ونوشته های آیت الله خمینی نیز به چشم میخورد.وی با آگاهی از موج مخالفت روحانیون اصیل وسنتی به مفاهیم فلسفی-عرفانی انحرافی مطرح شده توسط آیت الله خمینی، از این مخالفتها چنین تعبیر میکند:
"...این مقدمه بود براى همه مسائلى كه بعدها هم اگر پیش بیاید و عمرى باشد كه اگر ما هم یك وقتى یك احتمال دادیم، نگویید كه این تعبیرات را شما آوردید دوباره در میدان، مثلًا دوباره [تعبیرات‏] عرفا [را آوردید.]...خیر، باید بیاید! مرحوم آقاى شاه‏آبادى- رحمه اللَّه- براى عده‏اى از كاسبها [كه‏] مى‏آمدند آنجا، مسائل را همان طورى كه براى همه مى‏گفت، براى آنها هم مى‏گفت. من به ایشان عرض كردم: «آخر اینها [كه سنخیتى ندارند!]» گفت: «بگذار این كفریات به گوششان بخورد!»...  "
وبا در جایی دیگر با لحنی تحقیر وتهدید آمیز، چنین میگوید:
" تو عقلت نمی رسد به فلسفه و ما فوق فلسفه، چرا جسارت به اصحابش مى‏كنى؟ عقلت نمى‏رسد به آن. این هم كه نمى‏تواند بفهمد كه این طایفه چى مى‏گویند و اینها دنبال چى هستند، این هم، حق اعتراض ندارد. این هم فكرش شاید كوتاه باشد."
وی همچنین در پیامی به مردم وزائران بیت الله الحرام، مخالفان فلسفه را "بیخبران" میخواند ومیگوید:
" تا بیخبران نگویند عرفان و فلسفه بافته‏ها و تخیلاتى بیش نیست و ریاضت و سیر و سلوك كار درویشان قلندر است...  "
وی در جایی دیگر ودر پیامی به رواحانیون، مراجع، مدرسین، طلاب وائمۀ جمعه وجماعات، ودر تبیین منشور موسوم به "منشور روحانیت " با روان کردن سیل تهمتها وناسزاها به مخالفان اندیشه اش، میگوید:
"...این از مسائل رایج حوزه‏ها بود كه هر كس كج راه مى‏رفت متدینتر بود...فلسفه و عرفان، گناه و شرك بشمار مى‏رفت. در مدرسه فیضیه فرزند خردسالم، مرحوم مصطفى از كوزه‏اى آب نوشید، كوزه را آب كشیدند، چرا كه من فلسفه مى‏گفتم. تردیدى ندارم اگر همین روند ادامه مى‏یافت، وضع روحانیت و حوزه‏ها، وضع كلیساهاى قرون وسطى مى‏شد كه خداوند بر مسلمین و روحانیت منت نهاد و كیان و مجد واقعى حوزه‏ها را حفظ نمود...  "
پس از بیان این اقوال، بجاست که خوانندگان گرامی بدانند، از بزرگترین مخالفان فلسفه وتدریس آن در حوزه ها بزرگ مرجع جهان تشیع، آیت الله العظمی بروجردی بود. هر چند آیت الله خمینی نامی از این مرجع عالیقدر نمی برد، اما در میان محافل حوزوی مخالفت ایشان با مشی ومشرب فلسفی روشنتر ومشخص تر از آن بود که نیاز به بیان داشته باشد، وتشخیص اینکه منظور نظر آیت الله خمینی از این نادانان چه کسی بود، بسیار مشکل نیست. یکی از مشهورترین موضع گیری های ایشان بر علیه فلسفه وتدریس آن، مربوط به مخالفت ایشان با برگزاری حلقه های درس فلسفه توسط صاحب تقسیر المیزان علامۀ طباطبایی بود. جالب آنکه از دیگر مخالفان فلسفه وتدریس آن در حوزه میتوان به کسانی چون علی مشکینی وآیت الله راستی کاشانی وآیت الله خزعلی اشاره نمود!!
اینگونه اختلافات از آغاز منشأ تنشهایی میان آیت الله خمینی وطیف روحانیت سنتی بود، اما پس از درگذشت آیت الله العظمی بروجردی، اختلافات آیت الله خمینی یا حوزۀ قم وارد فاز جدیدی شد ورنگ تازه ای به خود گرفت. حوزۀ قم از لحاظ آرایش نیروها وبواسطۀ شکافی که آیت الله خمینی در آن ایجاد نموده بود، عملاً به سه دسته تقسیم می شدند، گروه اول طیف سنتی های سیاست گریز، که آیت الله گلپایگانی آنانرا نمایندگی می نمود، وسنتی های معتقد به کار فرهنگی اما با ابزارهای نوین که به تغییر به شیوۀ مبارزۀ انقلابی وخشونت آمیز باور نداشتند، این گروه که حول آیت الله العظمی شریعتمداری گرد آمده بودند، به تأسیس دار التبلیغ اسلامی دست زند. در برابر این گروه آیت الله خمینی وروحانیون طیف ایشان قرار داشتند، که اولاً با تلقی خاص خود از دین واسلام، خواستار مبارزۀ سیاسی وانقلابی با حکومت وقت بودند وثانیاً در تلاش بودند، با دادن امتیازاتی ولو ظاهری به گروههای مارکسیستی آنانرا جذب کنند.از این دیدگاه آنان درست در نقطۀ مقابل اندیشه های آیت الله العظمی شریعتمداری قرار میگرفتند، آنچنانکه این تقابل در اندیشه ها در نهایت به رویارویی این دو طیف پس از انقلاب انجامید، وفاتحان انقلاب 57، با مصادرۀ دارالتبلیغ وحصر وزندان وشکنجه ودر نهایت قتل آیت الله شریعتمداری، فرجامی تلخ وناجوانمردانه برای این رویارویی رقم زدند.
پس از آغاز دوران مبارزۀ آیت الله خمینی ومشخصاً با مهاجرت وی به نجف، این اختلافات وارد فاز تازه ای شد. باز هم سوی دیگر این کشمکش آیت الله خمینی بود که با تلقی خاصی از دین وآموزه های مذهب در تلاش بود، شیوه ای تازه وپرخطر را بر رفتار حوزه ها وعلما تحمیل نموده، وعملاً آنانرا وارد مبیارزه ای کند، که به عقیدۀ بسیاری نه زمان برای آن مناسب بود ونه زمینه ها وامکانات آن فراهم بود، آنچنانکه بعدها در جریان پیروزی انقلاب وحوادث پیامد آن درستی این دیدگاه ثابت شد. آیت الله خمینی در بدو ورود به نجف، کلاس درس خود را دایر نمود، محور بحث حلقه های درس، "ولایت فقیه " و"مبارزه" بود.سیاسی کاری آیت الله خمینی با توجه به جوّ ضد فلسفی وضد عرفانی سنگین موجود در نجف آن بود که اساساً پای چنین مباحثی را بمیان نکشید ویکسره نظر خود را به مسئلۀ ضرورت دخالت دین در سیاست، البته در معنای مورد نظر وی، ومبیارزه با حکومتهای ستمگر معطوف نمود. این دیدگاه طیف وسیع مخالفتهای علما ومراجع نجف را در پس داشت.داستان  گفتگوی میان آیت الله العظمی سید محسن حکیم وآیت الله خمینی، که از زبان یکی از شاگردان آیت الله خمینی بیان شده است، بیانگر ریشه های اختلاف میان علمای سنتی وبویژه حوزۀ نجف با آیت الله خمینی است. بیان گوشه ای از این خاطرات،امروز وپس از گذشت بیش نیم قرن از آن گفتگو، بسیار جالب وآموزنده است. یکی از شاگردان آیت الله خمینی در بیان گفتگوی انجام شده میان آیت الله خمینی وآیت الله العظمی سید محسن حکیم چنین بازگو می کند:
آقای خمینی به آقای حكیم فرمودند: شنیدم كسالت دارید. خوب است به ایران برای مداوا تشریف ببرید و در ضمن قضایای ایران را از نزدیك لمس كنید.
آقای حكیم در جواب گفت: من از تمام قضایا كاملا واقف هستم.
آقای خمینی فرمودند: گمان نمی كنم كه از همه قضایا مطلع باشید. چه اگر مطلع بودید در قضایای اخیر ایران شما كوتاه نمی آمدید.
آقای حكیم در جواب گفتند: آنچه وظیفه شرعی بود بجا آوردم، و شما هنوز از اوضاع سیاسی جهان باخبر نیستید. یك عده افراد سودجو این قضایا را ایجاد می كنند كه خود سود ببرند، و باید خیلی متوجه و بیدار باشیم.
آقای خمینی فرمودند: شاید مطلع نباشید كه آمریكا و انگلستان می خواهند دول اسلامی را محو و نابود كنند و فعلا از ایران شروع كردند. تمام منافع ایران را می برند و می خواهند خون این ملت ها را بمكند. باید متوجه بود و بیدار شد و ما بدین جهت قیام كردیم، و محمد رضا شاه پهلوی اصلا معتقد به اسلام نیست.
آقای حكیم فرمودند:...خیلی محتاطانه باید حركت كرد و به اندك غفلت ممكن است مسلمان ها ذلیل و نابود گردند؛ و من خود را در مقابل این مسائل مسؤول می دانم. بعضی از قضایا را كه شما بیان كردید ما تحقیق كردیم آن طور نیست.
آقای خمینی فرمودند: البته من بدون تحقیق و تتبع اقدام نكردم و من مدارك مستدل دارم. آقای حكیم فرمودند: شما جواب خدا را در این خون ریزی چه می دهید؟
آقای خمینی فرمودند: امام حسین (علیه السلام) كه قیام كرد و خود و عده ای شهید شدند برای چه بود؟ برای حفظ اسلام بود. پس باید این اعتراض را هم به او بنماییم.
در این بین آقای حكیم عصبانی شده و با عصبانیت فرمودند: ای آقا! شما خود را با امام حسین قیاس می كنید؟ امام حسین(علیه السلام) امام مفترض الطاعه و عالم و مأمور از جانب خداوند بود. شما چرا امام حسن (علیه السلام) را نمی گویید. هر كاری كه می خواهید بكنید و هر خونی كه می خواهید ریخته شود امام حسین(علیه السلام) را در میان می آورید. ریختن یك قطره خون بی گناه در نزد خداوند مسؤولیت عظیم دارد.و سپس سكوت كردند و آقای خمینی هم صحبت نكردند.
عدم استقبال علما ومراجع وحوزویان نجف از اندیشه های سیاسی فقهی آیت الله خمینی آنچنان است که وی بارها وبارها از خاطرات تلخ خود در نجف سخن به میان می آورد، وفرزندش سید احمد خمینی نیز بدین مطلب اشاره می کند.
آقای خاتم یزدی از شاگردان حلقۀ درس آیت الله خمینی در نجف در این باره می نویسد:
امام دو بار از مراجع نجف علناً گلایه کرد و هر دو بار نیز گلایه وی متوجه آیت الله خویی بود .
سید احمد خمینی نیز درباره دلایل موافقت حکومت پهلوی با عزیمت امام به نجف نوشته است:«فشار افکار عمومی و اعتراضات مردم و علما، مشکلات دولت ترکیه در نگهداری و و کنترل فعالیت های امام با توجه به جو مشابه ایران و ترکیه و از این دو مهم تر وضع نجف و سکون و رکود حاکم بر فضای حوزه آن دیار از جمله عوامل اصلی تبعید بودند. رژیم می پنداشت که با تبعید امام به عراق … بدون نیاز به مراقبت های مستقیم، وضعیت حوزه نجف مانع طبیعی و مهم برای محدود کردن فعالیت امام می باشد… امام خمینی، خود در آثارش از سختی های شرایط حوزه نجف، علیرغم توفیق همجواری و زیارت مشاهد مشرفه بارها به تلخی یاد کرده اند.»
سید احمد خمینی در دیگر نوشته ها و سخنان خود از فضای سنگینی که در نجف وجود داشت سخن گفته است:
«مقدس نمایان متحجر در نجف به امام نسبت تارک الصلوة دادند … آنها کتاب ها و اعلامیه های امام را که با هزاران مشکل تهیه می شد به بهانه توزیع در بصره و شهرهای عراق و ایران، توسط افراد نفوذی و ظاهرالصلاح می گرفتند و داخل چاه یا رودخانه ها می ریختند… شاید این جمله امام در این زمینه گویاترین باشد که در لحظه ترک نجف فرمود: من در اینجا با حرم مطهر مأنوس بودم. اما خدا می داند در این مدت از دست  اهل اینجا چه کشیدم؟!»
شاید یکی از انگیزه های مهم مهاجرت آیت الله خمینی از نجف به پاریس را می توان، فشار فزایندۀ علمای نجف همراه با بالا گرفتن شعله های انقلاب وافزایش خونریزی ها بود. اما این فشارها با خروج آیت الله خمینی از عراق، اندکی فروکش نمود. لحن آیت الله خمینی وفرهنگ واژگان مورد استفاده توسط وی در پاریس بگونه ای بود که سعی در جذب تمامی اقشار وگرووها داشت، بدین ترتیب وی با اتخاذ نوعی سیاست سکوت، از ورود به مباحث مناقشه برانگیز وجنجالی که ممکن بود حساسیت وانتقاد قشر متدین وسنتی جامعه را در پی داشته باشد، خودداری نمود.همین سیاست بود که او را وا می داشت که حتی در برابر دکتر علی شریعتی، که پرچمدار تز "اسلام منهای روحانیت" بود، علناً موضع نگیرد، تا بدینوسله جوانان انقلابی وتحصیل کرده را نیز در بدنۀ انقلابی که خود را صاحبش می پنداشت جذب وهضم کند. منشی که وی آنرا از نشانه های سیّاس بودن وزیرک بودن یک روحانی می داند !
با پیروزی انقلاب 57 وورود آیت الله خمینی به ایران، اختلافات وارد فاز تازه ای شد، همچنانکه موضوعات تازه ای را هم به مواد مورد منازعه افزود. از یک سو، آیت الله خمینی، خود را میراث دار مشروطۀ مشروعه ای میدانست که شیخ فضل الله نوری برای رسیدن به آن، جان خود را بر سرِ دار آن از دست داده بود، واز سوی دیگر خود را در برابر ضروتهای گریزناپذیر، سیاست روزمره می دید، میان سیاست دینی ودین سیاسی راه دوم را برگزید واقدام به سیاسی نمودن دین نمود. اتخاذ چنین رویکردی از سوی آیت الله خمینی چند پیامد عمده بدنبال داشت که بطور خلاصه میتوان آنها را در چند محور خلاصه نمود:
-    تبدیل شدن دین ومفاهیم وآموزه های آن به ابزاری در دست سیاستمداران برای توجیه عملکرد خود
-    گرفتن فتوا واحکام دینی برای عملی کردن سیاستهای حاکمان
-    احداث مفاهیم نوین فقهی برای سازگار نمودن دین با ضرورتهای دنیای سراسر دروغ وفریب سیاست معاصر
-    کمرنگ شدن مرزبندی های هویتی مذهب به بهای جذب حداکثر متحدان سیاسی از مذاهب دیگر
برآیند این مؤلفه ها، اعتراض دوطیف مهم ووسیع از روحانیت را برمی انگیخت که تا پیش از خروج آیت الله خمینی از ایران نیز، با گرایش های سیاسی رادیکال وی مشکل داشتند.گروه نخست طیف روحانیت سنتی سیاست گریز مانند آیت الله العظمی سید حسن طباطبایی قمی وهمفکران وی بودند که اساساً با رویکردی ویژه به عصر غیبت ودیدگاهی خاص به حاکمیت غیر معصوم هرنوع دخالت در سیاست را بر نمی تافتند، سیاست گریزی این گروه جدا از بستر عقیدتی دارای بستر وزمینه ای تاریخی نیز بود، تجربۀ تلخ مشروطیت در ایران وانقلاب 1920 عراق بر علیه اشغالگری انگلیس، وهراس از تکرار چنین تجربه ای بود، که آنرا بشدت از دخالت در سیاست برحذر می داشت. این گروه اما وقتی با واقعیتی بنام حکومت به اصطلاح اسلامی روبرو شدند، نا اگاه خود را در برابر نظامی دیدند که در صدد است آنانرا به ابزار اجرای سیاست های خود تبدیل کند. آنانکه می دیدند حتی با وجود عدم دخالت در سیاست، این بار سیاست آهنگ دخالت در شئوونات دین را نموده است، لب به اعتراض گشودند. از سوی دیگر پیامدهای منفی عملکرد خونبار انقلابیون در آغازین روزهای پیروزی انقلاب 57، که همه وهمه به نام دین انجام می شد، در درجۀ نخست اصل دین ومذهب را نشانه رفته بود، وبه تعبیری از سلاح مذهب ساختگی آیت الله خمینی برای نابودی مذهب اصیل شیعی استفاده می شد.اینچنین بود که طیف سنتی نیز ناگهان خود را ناگزیر دید که لب به انتقاد بگشاید. اما مشکل این گروه در مسئلۀ اصالت داشتن مسئلۀ "نقد" نزد آنها خلاصه می شد،بدین ترتیب که آنان صرف مسئلۀ نقد را کافی می دیدند اما نقد آنها ناظر به ارائۀ آلترناتیو نبود.اینچنین خلائی در مسئلۀ نظریه پردازی بهترین ابزار ممکن برای محصور نمودن این گروه توسط حاکمیت بود.
گروه دوم، مخالفان حوزوی آیت الله خمینی، روحانیت سنتی معتقد به فعالیت در عرصۀ فرهنگی- اجتماعی بودند، که از شاخص ترین افراد این گروه می توان از آیت الله العظمی سید کاظم شریعتمداری وآیت الله العظمی سید محمد شیرازی نام برد. روحانیون متعلق به این گروه، هرچند بعضاً دارای دیدگاهها ودکترین های سیاسی ویژه ای نیز بودند، اما وجه مشترک آنها اولویت فعالیت اجتماعی- فرهنگی در راستای آگاه سازی توده ها بر هرنوع فعالیت وکنش سیاسی برای دستیابی به حکومت بود. از مشهورترین نظریه پردازان سیاسی ایم گروه از روحانیون می توان از آیت الله العظمی شیرازی نام برد که هرچند در مقام نظریه پردازی سیاسی، تئوری پرداز نظریۀ شورای مراجع تقلید بود، اما آنچنانکه در آثار وی مشهود است، آگاه سازی توده های مردم، را مقدمه وشرط اساسی عملی نمودن نظریۀ خود ودیگر نظریات اصلاحی ودر سطح کلان، نهضت همگانی وهمه جانبۀ مسلمانان می داند .
در این میان دیدگاه خاص فلسفی – عرفانی آیت الله خمینی که با تکیه زدن وی بر مسند حکومت، فرصت اجرا وتطبیق همۀ جانبۀ آن را، حتی در عرصۀ فقاهت واستنباط فقهی، فراهم می دید، وی را برآن داشت تا به دادن فتواهایی بی سابقه وشاذ در فقه شیعی دست بزند. فتواهایی که عمده هدف آنها پاسخگویی به مقتضیات سیاسی کارانۀ حاکمیت بود، البته با تعریف امروزین سیاست که سنتخیت عجیبی با سیاستهای معاویه ونوع نگرش معاویه به ادارۀ ملک ومملکت می باید. شدت ناهمگمونی وتعارض این قبیل فتاوا آن اندازه بود که حتی در میان روحانیون حاضر در عرصۀ حکومت نیز کسانی تاب نیاوردند ولب به اعتراض گشودند. آیت الله قدیری عضو شورای نگهبان واز اعضای دفتر آیت الله خمینی در قم از جملۀ این افراد بود که پس نامۀ آیت الله خمینی به گورباچف وتمجیدهای بی سابقۀ آیت الله خمینی از ابن عربی در آن نامه، مراتب اعتراض خود را به این قسمت از نامه ونیز فتوای حلیت شطرنج وموسیقی، به آیت الله خمینی ابراز داشت. آیت الله خمینی در پاسخ وی را تحت تأثیر مقدس نماهای احمق(!!) وآخوندهای بیسواد خواند.(!!)
این تعریف از سیاست، ضرروت داشتن قضات ویژه، دادگاههای ویژه ووعاظ السلاطین ومراجع درباری و... را هر چه بیشتر نمایان می نمود. اما اینان باید از میان حوزه ها بیرون می آمدند، امری که ملازم تغییر ودگرگونی نظان حوزه وبالتیع از دست رفتن استقلال حوزه بود. این مسلئه بهمراه توجیه هرگونه شکنجه وکشتار  با توسل به انواع دروغ وجعلیات وتزویرها، بعلاوۀ اختلافات مبنائی در زمینۀ ولایت مطلقۀ فقیه که بعضاً در مجامع علمی حوزوی از آن بعنوان بدعت آیت الله خمینی یاد می شود، مجموعۀ عواملی را تشکیل می دادند که به اختلاف آیت الله خمینی وحوزویان دامن می زدند. این اختلافات هرچند در ابتدا در قالب اعتراض به رفتارهای خشونت آمیز انقلابیون واطرافیان آیت الله خمین خلاصه میشد اما با آغاز تشکیل مجلس خبرگان ومشخصاً مناقشۀ موضوع ولایت مطلقۀ فقیه شکل ورنگ دیگری بخود گرفت. سیاستهای اقتصادی غیر اسلامی حکومت که پیامد آن دولتی کدن اقتصاد وقبضه نمودن نان مردم توسط حاکمیت بود، موضوع دیگر اختلاف روحانیون سنتی یا آیت الله خمینی بود.با آغاز جنگ ایران وعراق، اختلافات رنگ دیگری به خود گرفت. روحانیت که در آغاز در این مورد، در کنار دیگر مردم برای دفاع از میهن ودین قرار داشت، سه سال بعد از آغاز جنگ وپس از آزاد سازی خرمشهر، همراه با دیگر دلسوزان وسیاسیون، وبرپایۀ پیشنهاد کشورهای عربی وسازمان ملل متحد مبنی بر پرداخت غرامتهای جنگی به ایران ومقصر دانستن عراق در آغاز جنگ، بر ضرورت آتش بس وجلوگیری از جاری شدن خونها بیشتر پای فشردند.
واکنش آیت الله خمینی، با روحانیون، بسیار خشونت بار وناجوانمردانه بود. آیت الله العظمی شریعتمداری از جمله مراجع بلند پایه ای بود که از بدو ورود آیت الله خمینی وی را از در دست گرفتن سکان حکومت وتصدی گری رواحانیون برحذر داشت ووی را به ماندن درشهر قم وپرداختن به درس وبحث تشویق نمود، سخنانی که مورد بی اعتنایی آیت الله خمینی واقع شد. آیت الله شریعتمداری بعدها در اعتراض به گنجاندن اصل ولایت فقیه در قانون اساسی واعدامها بی حد وحصر بارها سخنرانی نمود وطی نامه هایی مراتب اعتراض خود را ابراز داشت. در نهایت وی که به نوعی نقش منجی آیت الله خمینی از اعدام حتمی در سال 1342 را داشت، توسط وزیر اطلاعات وقت، ری شهری، به اتهام واهی ضدیت با ولایت فقیه وتلاش برای سوء قصد به جان آیت الله خمینی (!!) مورد بازجویی وشکنجه واعترافات تلویزیونی قرار گرفت  ودر نهایت حصر قرار گرفت وسرانجام نیز بطرز مشکوکی درگذشت، هرچند رسانه های نظام ولایت مطلقۀ فقیه علت درگذشت وی را نارسایی کلیه اعلام کردند، اما بسیاری بر این باورند که فرمان قتل وی مستقیماً توسط آیت الله خمینی صادر شده است.
آیت الله العظمی سید حسن طباطبایی قمس از جمله دیگر روحانیون معترضی بود که به مخالفت آشکار با مطلقه نمودن حکومت وبازتولید استبداد پونقد فقهی مبانی ولایت مطلقۀ فقیه پرداخت وبه گنجاندن در قانون اساسی اعتراض نمود. وی نیز به اتهام ضدیت با ولایت فقیه تحت حصر خانگی قرار گرفت.
آیت الله العظمی سید محمد شیرازی نیز از جمله روحانیون برجسته ای بود که بمناسبتهای گوناگون وبه عماوین مختلف مراتب اعتراض خود را به عملکرد آیت الله خمینی ابراز می داشت. وی نیز مورد حصر قرار گرفت وبستگان وفرزندان وی به بند کشیده شدند ودر زندان تحت بدترین انواع شکنجه ها قرار گرفتند. فرزند ایشان آیت الله سید مرتضی شیرازی در آستانۀ اعدام قرار گرفت وسرانجام تحت فشار سازمانهای مدافع حقوق بشر، حکم اعدام وی لغو شد.
دامنۀ سرکوبهای رژیم آنچنان گسترده شد، که حتی نزدیکترین یاران دیروز آیت الله خمینی نیز تاب همراهی با وی تا جهنم را نیاوردند. آیت الله العظمی منتظری را می توان بارزترین نمونۀ این جریان دانست. جریانی که بنا بر نقلی از آیت الله العظمی منتظری، حاضر بود، آیت الله خمینی را تا مرز جهنم نیز همراهی کند، اما با وی به جهنم سقوط نکند!
اختلافات آیت الله العظمی منتظری با رژیم ولایت مطلقۀ فقیه، هر چند در وهلۀ نخست، به مسائلی پیرامون ادارۀ کشور وچگونگی برخورد با گروهها وجریانات سیاسی محدود می شد، اما در مرحلۀ بعد، آنچنانکه در سیر اندیشه های آیت الله العظمی منتظری نیز پیداست، به اساس جهموری اسلامی ومسئلۀ ولایت مطلقۀ فقیه، نیز کشانده شد.
اوج گیری اختلافات آیت الله العظمی منتظری وآیت الله خمینی، به جریان دستور کشتار زندانیان سیاسی در تابستان 1367، مربوط می شد.آیت الله العظمی منتظری ضمن انتقاد آشکار از دستور آیت الله خمینی در کشتار هزاران زندانی سیاسی، مراتب اعتراض خود را اعلام نمود. وی در کتاب خاطرات خود به تفصیل از جزئیات این کشتارها پرده برداشته است.
فرجام آیت الله العظمی حسینعلی منتظری، از نظریه پردازان انقلاب وتئوریسین نظریۀ ولایت فقیه، علیرغم آنکه آیت الله خمینی وی را ثمره وحاصل عمر خویش دانسته بود، چندان خوب نبود. آیت الله خمینی نخست، طی نامه ای وی را از قائم مقامی رهبری عزل نمود وبا لحنی تهدید آمیز وی را به گوشه نشینی وعدم دخالت در سیاست، فراخواند! سپس وی در حصر خانگی وزندان گرفتار شد. آیت الله خمینی فرصت انتقام جویی از یاران دیرینۀ خود نیافت وپس از گذشت چند ماه، در گذشت.
فهرست اسامی، مراجع وعلمایی که در دوران زمامداری آیت الله خمینی، به علت مخالفت با اندیشه ها وعملکرد وی، به حصر، زندان، شکنجه، تبعید وترور گرفتار آمدند، آنچنان بلند بالاست که بسیاری را در نخستین نگاه شگفت زده می کند. به برخی دیگر از برجسته ترین این اسامی وسرنوشت آنها در پی اشاره خواهیم نمود:
1- آیه الله علی صفایی قمی فرزند حضرت آیه الله محمد علی صفایی، خانه نشینی ومرگ و تشییع جنازه بسیار غریبانه)
2- حضرت آیه الله سید احمد خوانساری به  اتهام مخالفت با ولایت فقیه (خانه نشینی ومرگ و تشییع جنازه همراه با هتک حرمت)
3- حضرت آیه الله سید حسن طبا طبایی قمی به  اتهام مخالفت با ولایت فقیه (حصر،خانه نشینی ومرگ و تشییع جنازه همراه با سکوت وابهام)
4- آیه الله سید رضا صدر برادرامام موسی صدر به اتهام نماز بر جسد حضرت آیت الله شریعتمداری (زندان،حصر،خانه نشینی ومرگ)
5- حضرت آیه الله سید صادق روحانی (تا مدتها حصر و خانه نشینی)
6- آیه الله طسوجی به اتهام ارتباط با آیت الله شریعتمداری (خانه نشینی و محرومیت از تمامی مناصب اجتماعی و حوزوی ومرگ)
7- حضرت آیه الله مرعشی نجفی با اتهام به صوفی گری و........بارها اوباشان را به در خانه ایشان روانه کردند تا ایشان را  به سکوت وادار کنند.
8- حضرت آیه الله سید محمد رضا گلپایگانی بارها به منزل ایشان ریخته و با شعار مرگ بر ضد ولایت فقیه توانستند تاحدودی بیت و خود ایشان را کنترل کنند.
9- آیه الله شیخ محمد صادقی طهرانی به اتهام  مخالفت با ولایت فقیه (خانه نشینی و محرومیت از تمامی مناصب اجتماعی و حوزوی آتش کشیدن محل تدریس ایشان توسط اوباش).
10-  آیه الله سید رسول موسوی طهرانی به اتهام  مخالفت با ولایت فقیه و حمایت از آیت الله شریعتمداری (زندان،خانه نشینی و محرومیت از تمامی مناصب اجتماعی و حوزوی).