علیرغم تمامی نقدهای موجود نسبت به ساختار، فرم ومحتوای کنونی حوزه وروزآمد نبودن آن اما نمی توان نقش حوزه های علمیه واثرگذاری آنها بر امور کلان جامعه ورژیم سیاسی را دور از نظر داشت. هرچند نمی توان انکار کرد که پایگاه اجتماعی حوزه ومردان آن، در ایران کنونی ودر اثر عملکرد سوء حاکمیت بشدت مخدوش شده است، اما بی شک بویژه در میان توده های دیندار جامعه و طبقات فرودست اجتماعی، حوزویان همچنان تأثیرگذارند وبویژه با توجه به پراکندگی این هواداران متدین، حوزه های علمیه نمایندگی مطالبات این طیف را در برابر حکومت واقدامات خودکامانه آن برعهده دارند. از این منظر حوزه های علمیه دست کم نماینده طیف وسیعی از توده های اجتماعی هستند.

از سوی دیگر بویژه در جمهوری اسلامی، حوزه های علمیه ابزار مهم کسب مشروعیت برای حکومت بوده اند. حوزۀ علیمه ودر ضمن آن مرجعیت شیعه، پس از انقلاب بهمن ۵۷ بعنوان منبع مشروعیت نظام حاکم معرفی و تصویر شده اند.

پس از انقلاب بهمن ۵۷ مناسبات میان حوزه وحکومت وارده مرحلۀ تازه ای شد. تا پیش از بهمن ۵۷ بخشی از حوزه ومردان آن که تا پیش از این در سنگر مدافعان حقوق مردم وآزادیخواهان تصنیف می شدند، به یکباره وبرخلاف اسلاف صالح شان خود را در مقام وجایگاه حکومت یافتند. این وضعیت تازه ومقتضیات زمامداری در بلاد استبداد زده، مسئولیت گرانی بود که ظاهراً دوش مردان حوزه را یارای تحملش نبود ودر نهایت بخش حاکم ومسلط حوزه را به چاره اندیشی برای حل این معضل واداشت.

 از یکسو حوزه خواستگاه وپایگاه مشروعیت حاکمان تازه بود واز سوی دیگر، پیشینه وسابقه حوزه ونقش سنتی آن ایستادن در جایگاه منتقد حاکمیت ودفاع از حقوق مردمان را ایجاب می کرد. این مسأله حکومتگران ملبس به لباس روحانیت را بر آن داشت تا عزم خود را برای "استقلال زدایی" از حوزه به هر طریق ممکن جزم کنند.

نیاز حکومت به مشروعیت بخشیدن وتطبیق طرحها و برنامه های حکومتی آفتی دیگر بود که درنهایت دامان حوزه را گرفت و گاهی عصمت واستقلالش را ملوث ساخت. همین مسأله در عصر جمهوری اسلامی در مواردی به رویارویی میان حکومت وحوزه های علمیه مستقل انجامید.

مدارس دینی شیعی یا همان حوزه های علمیه بواسطۀ تأثیر مستقیم بر زندگی فردی واجتماعی توده های متدین تأثیر گذاری در حوزه های متعدد عقیدتی، اخلاقی وتشریعی سریعترین وآسان ترین راه برای تأثیر بر توده ها ووادار ساختن آنها به اجرای سیاستهای طراحی شده توسط حکومت بشمار می آیند. از این زاویه نیز، تابع ساختن حوزه های علمیه وبکار گیری مردان حوزه بعنوان "پیاده نظام" سیاستهای سیاسی واجتماعی طراحی شده توسط حاکمان اولویت مهمی بود که طی سالهای پس از انقلاب بشدت پیگیری شد.

از منظری دیگر بویژه در حکومت دینی شیعه در عصر مدرن، انتظار از حوزه های علمیه بعنوان نهادهایی اجتماعی، نقد اخلاقی حاکمان وارائه راهکارهایی برای رسیدن به جامعۀ سالم وسعادتمند بود. بویژه آنکه فقیهان در حوزه های علمیه تا پیش از تشکیل حکومت به اصطلاح دینی خود را در بسیاری از زمینه های اجتماعی، اقتصادی وسیاسی صاحب نظر می دانستند واز ابراز عقیده در این باب واظهار نظر نقادانه نسبت به سیاستهای حکومتهای مدرن نیز دریغ نمی ورزیدند.

نفوذ این نظریات در میان توده های دیندار بخصوص در سالهای آغازین انقلاب چنان بود که وزیران کابینه های مختلف را گاه وبیگاه عازم قم می کرد تا نظر مساعد مراجع را نسبت به اجرای فلان طرح اجتماعی ویا اقتصادی جلب کنند. انتقادعلما نسبت به بسیاری از طرحهای حکومتی که گاه نقدهایی سیاسی و در برخی مواقع در تعارض با استبداد فائقه ولایت مطلقه فقیه بود. نفوذ روحانیت در میان مردم وتأثیر کلام شبکه روحانیون بر مردم را از همان سالهای آغازین این حکومت به چالشی عمده بدل گشت. مسأله ای که در نهایت به برخورد خشن حاکمیت با مراجعی همجون آیات عظام شریعتمداری، سید حسن طباطبایی قمی، سید محمد شیرازی، سید صادق روحانی و درنهایت حسینعلی منتظری منجر شد.

اما عنصر اساسی حوزه در این مسیر وکارزار گوهر گرابنهای "استقلال" است که به واسطۀ آن حوزه می تواند در فضایی مستقل از فضایی که حکومت ودولتهای پی در پی برای وی ترسیم می کنند، نقش آفرینی نماید. پدیده استقلال حوزه های علمیه همانند هرپدیده دیگر البته مدافعان ومنتقدان ویژه خود را دارد ودرضرورت ویا عدمش دلایل گوناگون اقامه شده اند. اما درسایۀ استقرار حکومت استبداد مذهبی، مزایای استقلال حوزه های علمیه به مراتب بیش از معایب آن است.

در این میانه وبویژه در دوره های مختلف تاریخی ودر کشورهای مختلف بسیار کوشیده شده است تا حوزۀ شیعی سرنوشتی مشابه به حوزه های علمیه دیگر مذاهب وبویژه سرنوشت دانشگاه (حوزۀ) الأزهر مصر پیدا کنند. حوزۀ علمیه الأزهر در قاهره طی فرآیندی چند مرحله ای ورد سایۀ فشارهای حکومتی در نهایت به ابزاری در اختیار حاکمیت وتماماً درسایۀ سیاستهای ترسیم شده توسط حکومت ومردانش نیز در صنف حقوق بگیران حکومت در آمدند.

از زمان تشکیل حکومت استبداد مذهبی در ایران، حاکمیت جدید کوشید تا طرحی برای "ازهریزه" کردن حوزه های علمیه را مجدانه ومصرانه پیگیری کند. در این مسیر روحانیت مستقل ومنتقد شیعه وحوزه های مستقل شیعه هرکدام به نحوی سرکوب ونقدشان در گلو خاموش ماند.

از سوی دیگر صرف بودجه های کلان وسرازیر ساختن دلارهای نفتی وتأسیس حوزه های ریز ودرشت حکومتی به موازات حوزه های علمیه مادر عملاً حکومت را به رقیبی قدرتمند وبی بدیل برای حوزۀ علمیه سنتی بدل کرد. ازهریزه کردن حوزۀ علمیه در یک کلام به دنبال تأسیس یک "الأزهر شیعه" در جهان تشیع است که علاوه بر مرجعیت فکری وروحی شیعیان در جهان، تنها وتنها فرمانبردار وسرسپرده حاکمان باشد.

مانع عمده حکومت در این مسیر، مراجع تقلید سنتی ومستقل منتقد جمهوری اسلامی هستند که از آغاز انقلاب تا کنون در برابر عملی شدن این طرح واستقلال زدایی از حوزه های علمیه بشدت مقاومت نموده اند.

سید صادق شیرا زی وجریانی که در فضای مذهبی کشور توسط وی رهبری واداره می شود، طی سالهای اخیر با اتخاذ رویکردی سنتی ودر عین حال حساس نسبت به ووضعیت اجتماعی وحفقان حاکم در کشور بشدت با طرح "حکومتی کردن" مقابله نموده وجامعه مذهبی کشور را نسبت به عملی شدن این طرح حساس ساخته اند.

ظهور وبروزجریانهایی امنیتی در حوزۀ علمیه که با ایده مقابله با بیت شیرازی وبر محور برخورد امنیتی با این مرجع سنتی بخصوص در ماههای اخیر پای به عرصه رسانه کشور گذاشته اند در همین چهارچوب قابل تحلیل وبررسی است. این جریان که در روزهای اخیر وبا مدیریت نهادهای امنیتی کار را به برخورد با بیت آیت الله شیرازی وتعطیلی رسانه های وابسته به ایشان وپلمپ دفاتر ایشان کشاند، چاره را جز در حذف وسرکوب این جریان وهموار کردن راه برای طرح "ازهریزه" کردن حوزه نیافته است. این مسأله بخصوص با توجه به ضرورت یک دست ساختن فضای حوزه وزمینه سازی برای رهبری پس از آقای خامنه ای مهمتر می نماید.