علیرغم آنکه نظام حاکم کنونی در ایران از بدو تأسیس تا کنون خود را نظامی اسلامی توصیف کرده وتمام تلاش خود را برای تحمیل قرائت به ظاهر دینی خود بر عرصۀ اجتماعی وبرقرار کردن مظاهر دینداری کرده است، منتقدان مذهبی نظام همواره تأکید کرده اند که جمهوری اسلامی ایران، هیچ گاه اسلام وقوانین شارع مقدس را بصورتی حقیقی مبنای نظر وعمل خود قرار نداده است، بلکه در دوراهی های گزینش میان تطبیق قوانین شرع ویا پیاده کردن قوانین جعلی ، به جز مواردی استثنایی همواره راه وضع وپیاده سازی قوانین وضعی را انتخاب کرده است. التزام به اسلام وقانونگذاری شارع مقدس نیز از اجرای برخی حدود خاص آنهم بصورت غیر اسلامی والتقاطی فراتر نرفته است.

منتقدان مذهبی آیت الله خمینی بویژه کسانی همانند آیت الله العظمی سید کاظم شریعتمداری، آیت الله العظمی سید حسن طباطبایی قمی ونیز آیت الله العظمی سید محمد شیرازی از جمله مراجع تقلید منتقد نظام جمهوری اسلامی بودند که از آغاز انقلاب وبا آشکارتر شدن دیدگاه های آیت الله خمینی در باب حکومت داری وبا مشاهده عینی رفتار وی در باب حکمرانی، عملاً دریافته بودند، جوهر نظریۀ آیت الله خمینی، نه تطبیق اسلام بلکه حفظ نظامی است که خود مؤسس اش بود. 

البته این دیدگاه منتقدان مذهبی هرچند از آغاز انقلاب وتوسط مراجع تقلید منتقد آیت الله خمینی مطرح می شد، اما ظهور وبروز آشکاری نداشت. پس از آنکه قوانین مصوب در چهارچوب نظام جمهوری اسلامی بارها وبارها توسط مذهبیون منتقد آیت الله خمینی مورد نقدهای جدی درون مذهبی قرار گرفت ودر موضاعات مختلف اقتصادی، سیاسی واقتصادی، مغایرت این قوانین با احکام شارع مقدس توسط بزرگان حوزه مورد اشاره وتأکید قرار گرفت، در نهایت آیت الله خمینی چاره را در تئوریزه ساختن نظریه "مصلحت نظام" دید، وبا مفهوم سازی در باب مصلحت نظام راه را برای تأسیس نهادی به نام "مجمع تشخیص مصلحت نظام" هموار نمود.

آیت الله خمینی در نامه ای که بمناسبت تأسیس مجمع تشخیص مصلحت نظام خطاب به مسئولان وقت نظم نوشت، گام عملی خود برای دور زدن احکام شرعی ودینی را با ابلاغ تأسیس این مجمع برداشت. آیت الله خمینی البته به حجم انتقاداتی که این تأسیس چنین مجمعی از سوی مذعبیون سنتی در پی داشته باشد، کاملاً واقف بود. از نقطه نظر مراجع تقلید سنتی، این نهاد راهکار تازۀ آیت الله خمینی برای دور زدن قوانین اسلامی وجایگزین ساختن آنها با احکام استبدادی ولی مطلق فقیه بود. از همین رو در این نامه آیت الله خمینی، این فقهای را به هواداری از اسلام آمریکایی وطرفدار غرب معرفی می کند، ومی نویسد:

"مصلحت نظام و مردم از امور مهمه‏اى است كه مقاومت در مقابل آن ممكن است اسلام پابرهنگان زمين را در زمانهاى دور و نزديك زير سؤال برد، و اسلام امريكايى مستكبرين و متكبرين را با پشتوانه ميلياردها دلار توسط ايادى داخل و خارج آنان پيروز گرداند." (صحیفۀ نور – ج 20 – ص 465)

بیست وهفت سال پس از این نامه، سرانجام روز گذشته، اکبر هاسمی رفسنجانی به این واقعیت اذعان نمود که تنها هدف بنیانگذار جمهوری اسلامی از تأسیس این نهاد دور زدن قوانین اسلامی تحت عنوان مصلحت نظام بوده است.

رئيس مجمع تشخيص مصلحت نظام، اظهار کرده است که مبنای مجمع تشخيص مصلحت نظام اين است که چنان‌چه مصلحتی برای نظام تشخيص داده شود می‌تواند قانون و فتاوای شرعی را دور بزند.

اکبر هاشمی رفسنجانی رئيس مجمع تشخيص مصلحت با اشاره به تاريخچه تشکيل مجمع تشخيص مصلحت نظام، خاطرنشان کرده است: در ابتدای انقلاب و زمانی که قانون اساسی در حال تصويب بود، هيچ نامی از مجمع تشخيص مصلحت نظام وجود نداشت و هيچ کس انتظار چنين نهادی را نداشت، اما واقعيات ميدانی ابتدا امام خمينی و سپس سايرين را به اين نتيجه رساند که با توجه به تغيير نظام يک خلأيی در مسائل کشور احساس می‌شود.

بر اساس این واقعیت تاریخی که هاشمی رفسنجانی بدرستی بدان اشاره می نماید، فضای ابتدای انقلاب به آیت الله خمینی فرصت ورود به این درگیری وگشودن جبهه ای به این گستردگی با سنتی ها را نمی داده است.

دراین مصاحبه هاشمی رفسنجانی البته تلویحاً آیت الله خمینی را متهم به عدم شفافیت دربارۀ ولایت مطلقۀ فقیه می نماید، واضافه می کند؛ پس از اين‌که پيش‌نويس قانون اساسی در شورای انقلاب مورد بحث قرار گرفت و تقديم امام خمينی شد و علما نيز در باره آن اظهارنظرهايی کردند، هيچ کس بحثی از مجمع تشخيص مصلحت نظام و حتی ولايت فقيه نداشت.

هاشمی رفسنجانی اظهار کرد: نخستين بار که در مجلس تصويب قانون اساسی بحث شد، بخش ولايت فقيه وظايف و اختيارات ولی فقيه تا حدودی در مجلس خبرگان تعيين شد اما مجددا" صحبتی از نهادی به نام مجمع تشخيص مصلحت نظام نبود. اما پس از ۱۰ سال از انقلاب زمانی که بن‌بست‌های متعددی در مسير بوجود آمد، جای خالی نهادی به نام مجمع تشخيص مصلحت نظام احساس شد.

رئيس مجمع تشخيص مصلحت نظام با تأکيد بر اين‌که مبنای مجمع تشخيص مصلحت نظام اين است که اگر مصلحتی برای نظام تشخيص داده شود اين مصلحت می‌تواند قانون اساسی و فتاوای شرعی را دور بزند و چنان‌که لازم بود نظرات شورای نگهبان را ناديده بگيرد، گفت: امام خمينی خود اعضای مجمع تشخيص مصلحت نظام را تعيين کردند و در ابتدا وظيفه تنظيم آيين‌نامه اين مجمع را بر عهده اعضای آن نهادند. ما در تنظيم اين آيين نامه برای اين‌که مزاحم ديگر دستگاه‌ها نشويم محدوديت‌های بسياری برای خود قائل شديم اما امام خمينی اين آيين‌نامه را قبول نکردند و تأکيد داشتند که مجمع تشخيص مصلحت نظام در هر موردی بايد مسائل را مطرح و بررسی کنند.

در مجموع آنچه از اظهارات هاشمی رفسنجانی می توان دریافت، آنستکه آیت الله خمینی هیچ گاه، حتی تا پایان عمر خود تصور دقیق وروشنی دربارۀ نظام مطلوب خود ارائه ننمود وبلکه کوشید تا پنهان نگه داشتن منویات وخواسته های خود، بصورت گام به گام ومرحله به مرحله طرح نظام استبدادی مطلوب خویش را تطبیق وپیاده کند.