آیت الله حسینعلی منتظری برای گروه پرشمار مقلدانش تنها یک مرجع دینی نبود. او مرجعی سیاسی نیز بود و نفوذ کلامش به مذهبی‌ها خلاصه نمی‌شد. جماعت خسته و دلزده از تحمیل‌های دینی جمهوری اسلامی به مقاومت او در مقابل استبداد دینی آفرین می‌گفتند و پشت پا زدن‌اش به پست و مقام‌های حکومتی را تحسین می‌کردند. درگذشت او در اوج اعتراض‌ها به نتایج انتخابات ریاست جمهوری سال ۱۳۸۸ برای هواداران جنبش سبز غم مضاعفی داشت اما از طرفی نشان می‌داد که سالها انزوای تحمیلی حکومت نتوانسته تاثیر و نفوذ او را بر مردم کم کند. آیت الله العظمی منتظری در ماه‌های واپسین حیات‌اش به عنوان پدر معنوی جنبش سبز شناخته می‌شد و در کنار «میرحسین موسوی» و «مهدی کروبی» نمادهای جنبش اعترضی ایران بود. او از سرکوبی که به نام اسلام علیه شهروندان انجام می‌گرفت آشفته بود و اعتراض‌ش به این رویه را بسیار قبل از ظهور جنبش سبز آغاز کرده بود. زمانی که نامه‌اش به آیت الله خمینی درباره اعدام‌های سال ۱۳۶۷ به برکناری‌اش از سمت قائم مقامی رهبر جمهوری اسلامی منجر شد و دوره‌ای طولانی از انزوا و حاشیه‌نشینی را برایش فراهم آورد. صداقت کلام آیت الله منتظری برای معترضان انتخابات ریاست جمهوری ۱۳۸۸ بر اساس کارنامه‌ سیاسی‌اش سنجیده می‌شد. کارنامه‌ای که وی را به عنوان شخصیتی صریح الهجه و باورمند به اعتقاداتش نشان می‌داد که از پرداخت هیچ هزینه‌ای اباء ندارد و در مقابل قدرت عقب نشینی نمی‌کند. شهامت سیاسی و توان فقهی بالا از آیت الله منتظری یک چهره منحصر به فرد ساخت. مردی که خود یکی از بنیانگذاران اصلی انقلاب اسلامی بود و برای ولایت فقیه کتاب نوشت و آن را تئوریزه کرد اما زمانی که دید ولایت فقیه به ابزاری برای تحمیل استبداد تبدیل شده از آن اعلام برائت کرد و ولی فقیه را نیز فاقد صلاحیت رهبری خواند.

سرکوب‌های جمهوری اسلامی علیه منتقدانش با تفسیری از فقه توجیه می‌شود که ولی فقیه را قیم جامعه می‌داند و اختیار تصمیم‌گیری و تعیین مصلحت شهروندان را به او می‌دهد. روایتی که بساط استبداد را در ایران پس از انقلاب پهن کرد و به احیای ساختارهای خودکامگی منجر شد. آیت الله العظمی منتظری در مقابل این روایت از ولایت فقیهی سخن می‌گفت که رابطه‌اش با مردم رابطه وکیل و موکل باشد نه رابطه قیم و صغیر. او اعتقاد داشت که ولی فقیه باید از جانب مردم انتخاب شود و مردم امکان بازخواست‌اش را هم داشته باشند. او در تیرماه سال ۱۳۸۸ مفهوم « ولایت جائرانه» را طرح کرد و در پاسخ به سوال فقهی محسن کدیور پژوهشگر دینی گفت: « تصدی مسئولانی که عدالت و امانتداری را از دست می دهند مشروعیت ندارد و متولی امور جامعه که با احکام شرع، موازین عقل و میثاق های ملی عمدا مخالفت کند جائر و ولایتش جائرانه است.»او در شهریور ماه سال ۱۳۸۸ سایر مراجع تقلید را نیز به یاری طلبید و از آنها خواست برای دفاع از حقوق مردم مداخله کنند. هشدار وی به مراجع این بود که سکوتشان ممکن است چنین تلقی شود که « مراجع و روحانیت موافق و موید کارهای خلافی هستند » که حکومت علیه معترضان به نتایج انتخابات اعمال کرده است.

لحن صریح آیت الله منتظری حاوی تاسف از بر باد رفتن امیدها به آزادی سیاسی پس از پیروزی انقلاب اسلامی بود و بر همین اساس در نامه به مراجع تقلید نوشته بود « اکنون در برابر مردم آگاه ایران به خاطر ستم هایی که تحت این نام و عنوان بر آنان می رود احساس شرمندگی می کنم.» وی حکومت را دیگر نه حتی ولایت فقیه بلکه ولایت نظامیان می‌دانست و در مقایسه وضعیت با دوران حکومت پهلوی می‌گفت: « هدف این نبود که ققط نام و نشان و شعارها تغییر کند و لی عملا همان مظالم و انحرافات رژیم گذشته ادامه یابد و تجاوزات به حقوق به شکل دیگری به عنوان حاکمیت دینی و ولایت فقیه جریان پیدا کند.» آیت الله منتظری کوتاه زمانی قبل از وداع با دنیا در مصاحبه‌ای به تشریح دیدگاهش درباره جنبش سبز پرداخت و گفت که « این جنبش در داخل كشور‏ ‏توانسته است فرهنگ مسالمت آمیز مطالبه حقوق تضییع شده اقشار‏ ‏وسیعی از مردم در انتخابات و حوادث پس از آن را تا حد زیادی نهادینه‏ ‏كند و از طرفی ماهیت خشن جناح تندرو و سركوبگر را به خوبی افشا‏ ‏نماید.» به باور او « شعارهای انحرافی ساختار شکن»٬ « انتظار پیروزی زودرس و عجولانه» و « اختلاف سلیقه ها در روش احقاق حقوق و امر به معروف و نهی‏ ‏از منكر » از جمله موانع رسیدن جنبش به مطالباتش بود. او با این همه از نصیحت و خیرخواهی برای حاکمیت غافل نبود و « تمكین به‏ ‏همه اصول قانون اساسی و به رسمیت شناختن حقوق ملت و عمل به آن‏ ‏» را بهترین راه برای نشان دادن حسن نیت حکومت می‌دانست.

ظهر بود و عزاداران می‌خواستند بعد از خاکسپاری برای مراسم بزرگداشت به مسجد بروند. ماموران امنیتی و نیروهای ضد شورش دیگر تحمل نکردند و با باطوم و گاز اشک‌اور به میان جمعیت آمدند و ده‌ها نفر را بازداشت کردند. بیت آیت الله منتظری ناگزیر به لغو مراسم شد و طولی نکشید که دفتر و حسینیه ایشان نیز پلمپ شد. پیامی آشکار از سوی حکومت که حالا در فقدان این مرجع تقلید هم می‌خواست عداوت و ستیزه‌جویی‌اش را نشان دهد. در این ۵ سالی که از درگذشت آیت الله می‌گذرد از نگرانی حکومت کم نشده است و فشار بر مقلدان و حامیان ایشان کماکان ادامه دارد. کتاب‌های سیاسی از انتشار محرومند و هنوز هم نهادهای امنیتی نمی‌گذارند که مراسمی در قم برای او گرفته شود. احمد منتظری اما از هواداران و مقلدانی می‌گوید که هنوز مشتاقانه به دنبال آراء و اندیشه‌های آیت الله منتظری هستند و پیام‌های وی را برای گذر از وضع موجود٬ موثر و راهگشا می‌یابند.