نقش اصلی بهشتی در تکوین و تثبیت استبداد دینی  ،کوشش برای تصویب اصل ولایت فقیه در مجلس خبرگان قانون اساسی و تدوین قانون اساسی با روایت ایدئولوژیک از اسلام فقاهتی بود. اغراق نیست اگر بگوئیم در تمامی فصول قانون اساسی می توان آثار حضور وی را مشاهده کرد. او علاوه بر تدوین قوانین  وشاکله های حقوقی نظام جدید التاسیس بر مبنای اصول اسلام و فقه شیعه نظر برتصدی پست های اجرایی  ،قضائی و تقنینی توسط نیر وهای معتقد به اصول مکتبی بر مبنای تفسیر وی و جناح خط امام از اسلام و بخصوص حضور روحانیون در مناصب ارشد نظام داشت. البته وی اینگونه توجیه می کرد قبول مسئولیت از سوی روحانیت به خاطر خواست مردم است و گرنه روحانیت تمایلی به این کار ندارد ولی به ناچار به خاطر اصرار مردم خاضر به دوش کشیدن مسئولیت ها است. 

تاثیر انکار ناپذیر بهشتی در مجلس خبرگان آنقدر قوی بود که چه بسا در غیاب وی  عرضه  قانون اساسی اول در شکل تاریخی اش در  سال 1358 ممکن نمی شد. رئیس و گرداننده اصلی مجلس خبرگان وی بود و ریاست آیت الله منتظری بیشتر جنبه تشریفاتی داشت. 

خود وی نیز ابایی نداشت تا خروجی مجلس خبرگان را از ان خود بداند. بنابراین معمار سیاسی نظام سیاسی ولایت فقیه را باید بهشتی دانست. او در بخشی از سخنانش در جلسه اختتامیه مجلس خبرگان چنین گفت:

« ما يك قانون اساسي خودماني درست كرديم. اين دستپخت مردمي كه از ميان شما برخاسته اند نواقصي دارد. اما بايد در موقع عمل و تجربه عيني شناسايي شود و به همان طريق كه خود قانون اساسي تصويب شد، متمم آن هم پس از گذشت چند سال كه نواقص مشخص شده است با همان كيفيت تدوين و تصويب شود.»(131)

بهشتی خود تایید می کند که حزب جمهوری اسلامی مجلس خبرگان را به سمتی هدایت کرد تا نمایندگانی انتخاب شوند که بیش از هر چیز به حفظ اصالت و هویت اسلامی قانون اساسی اهمیت بدهند. (132)

بهشتی تا پیش از شروع به کار مجلس خبرگان هیچگاه به صورت علنی و رسمی ذکری از نظریه ولایت فقیه ننموده بود. وی در سخنرانی ها و مقالاتش به این مفهوم اشاره نداشت. تشکیل حکومت اسلامی بر اساس موازین شرعی شاه بیت نظرات سیاسی و مذهبی او بود. 

بهشتی جزو آن دسته از اعضاء شورای انقلاب بود که نظر مثبتی نسبت به تشکیل مجلس موسسان نداشت و بررسی پیش نویس مصوب شورای انقلاب در  مجمعی محدود  که بیشترشان نمایندگان اندیشهٔ مردم باشند قانون بررسی شده و به  همه‌ پرسی  گذاشته شود در واقع بهشتی در این خصوص همنظر با آیت الله طالقانی بود.

اما علی رغم این مسئله و رای مثبت بهشتی به قانون اساسی پیشنهادی دولت موقت در شورای انقلاب ، پس از تشکیل مجلس خبرگان او به همراه اکثریت این مجلس مدافع نظری شد که آن پیشنویس را کنار بگذارند و از نو قانون اساسی را تدوین نمایند. 

اساسا حضور بهشتی در انتخابات مجلس خبرگان مورد اعتراض عده ای قرار داشت. چون وی عضو شورای انقلاب بود و این شورا مقام ناظر بر اجرای انتخابات بود لذا حضور وی شبهه قانونی و حقوقی داشت. از سوی دیگر او  در موضع برابر با دیگر کاندیدا ها قرار نداشت. البته این ایراد مشمول آیت الله طالقانی ، آیت الله موسوی اردبیلی   و ابوالحسن بنی صدر دیگر اعضاء شورا هم می شد.

صرفنظر از این مساله تخلفات متعدد در انتخابات و نقض بی طرفی مجریان انتخابات و بخصوص مسئولین شعب انتخاباتی به نفع حزب جمهوری اسلامی نیز مورد اعتراض گسترده قرار داشت.

در پیشنویس سخنی از ولایت فقیه نبود. اما  سید محمد کیاوش ( نماینده استان خوزستان )، برای اولین بار در جلسه سوم ضرورت گنجاندن این اصل در قانون را برای رهبری دائمی آیت الله خمینی مطرح کرد. پس از وی عبدالرحمن حیدری نمانیده اسلام از این تئوری دفاع کرد و در نهایت حسن آیت نیز به ماجرا وارد شد. تا در نهایت آیت الله منتظری وطیفه دفاع فقهی و مذهبی از این طرح را بر عهده بگیرد و ضرورت آن را گوشزد سازد.

همزمان بهشتی نیز از این طرح دفاع کرده و وظیفه راضی کردن اکثریت و رد نظرات مخالفین را بر عهده گرفت. تا زمانی که آیت الله طالقانی زنده بود. پیشنهاد گنجاندن اصل ولایت فقیه در دستور کار مجلس قرار نگرفت. اما در کمتر از یک هفته پس از درگذشت آیت الله طالقانی این طرح به سرعت مطرح شد و با عجله نیز تصویب گشت. برای  بررسی این طرح که اساسا شالوده قانون اساسی را تشکیل می داد وقت خیلی کمی  گذاشته شد. البته بهشتی مدعی بود که بیست ساعت در کمیسیون های فرعی پیرامون این اصل صحبت شده است. 

ماجرای اختلاف بهشتی و آیت الله طالقانی مسئله ای بود که از فردای انقلاب به تدریج شروع شد و پس از شروع به کار مجلس خبرگان به اوج رسید. آیت الله طالقانی در اعتراض به شیوه اداره جلسات و دنبال کردن انحصار طلبی سیاسی  به جای نشستن بر روی صندلی بر زمین می نشست. تذکر بهشتی به وی و اخطار برای بر هم نزدن نظم جلسات منجر به موضعگیری تند آیت الله طالقانی نسبت به وی شد. در واقع ریشه شعار " بهشتی  ،بهشتی طالقانی رو تو کشتی " که پس از فوت آیت الله طالقانی ، به صورت پر رنگ در اجتماعات سر داده می شد ، به این مسئله بر می گشت. اگرچه ین شعار بزرگنمائی شده و اغراق برانگیز بود اما درونمایه حقیقی آن وجود اختلاف نظر شدید بین آراء آنها بود و ناراحتی مرحوم طالقانی از نوع دیدگاه بسته سیاسی و غیر مشارکتی  را بازتاب می داد که بهشتی  یکی از برجسته ترین سخنگویان  آن بود .

در روز رای گیری پیرامون اصل ولایت فقیه  بهشتی هم جلسه را به نحوی مدیریت کرد که فضا به نفع موافقین باشد و بحث های مخالف کمتر در بگیرد و همچنین خود در مقام پاسخ دادن به مخالفین بر آمد. در مجموع برای طرحی به این مهمی فقط دو موافق و مخالف صحبت کردند.

بهشتی خود اذعان می کند که با توصیه آیت الله خمینی پذیرفتند کاندیدا های مشترک با دیگر جریان های اسلامی را در لیست حزب جمهوری اسلامی قرار دهند و با فداکاری حیثیت و آینده حزب را در خطر بیندازند. فراز هایی از سخنان وی در خصوص توصیف آرایش نیرو ها  وشکننده بودن موقعیت  نیرو های خط امام در مجلس خبرگان روشنگر است : « در خدمت امام بودیم اخباری به ایشان داده بودند اظهار نگرانی می کردند که با شرایط آن روز ممکن است  کسانی که با اسلامی بودن قانون اساسی سر سازگاری ندارند به درون مجلس رخنه بکنند و ایشان فرمودند تا جائی که می شود نیرو ها را یکی کنید. ائتلاف کنید متحد شوید تا آراء نمایندگان آنقدر سطح رای شان  بالا برود که  دارندگان آن افراد اصلا احتمال نوبت رسیدن برایشان مطرح نباشدو ما می دانستیم که قبول این موضع برای آینده حزب مضر است ولی چون برای آینده انقلاب مفید بود با دید امام این خطر را پذیرفتیم، برای اینکه در مجلس بودیم که چطور اگر 5 تا آدم با هم همصدا می شدند برای لیبرالیزه قانون اساسی ده تا صدای متزلزل هم  از صفوف  دیگران برای خود شان پیدا می کردند . بلی ما آگاهانه  بسیاری از از این رویداد هایی که با حیثیت و خوشنامی خودمان و تشکیلات مان بازی می کرد و برای آن خطر آفرین بود به جان استقبال کردیم ، برای اینکه  در راه آرمان فداکاری تنها گذشتن از جان نیست. گذشتن از حیثیت های اعتباری هم هست. .... 

در مجلس خبرگان دو جریان وجود داشت. یک جریانی که می چربید و گرایش داشت بسوی قانون اساسی لیبرال و یک جریانی که روی قانون اساسی تمام عیار تکیه داشت. یک چنین حزبی [ حزب جمهوری اسلامی] در مراحل مختلف نشان داده است قاطعانه روی خط اسلام اجتهادی و نه  اسلام ظاهری و ظاهر بینانه و متحجر و نه اسلام التقاطی که دیگر اسلام نیست  روی اسلام اجتهادی پویا ولی خالص تکیه دارد. » (133)

--------------------------------