رسام؛ شیخ محمد طاهر خاقانی فرزند آیت الله شیخ عبدالحمید ونوادۀ مرجع دینی بزرگ شیخ عیسی خاقانی است. شیخ محمد طاهر خاقانی دروس حوزه را نزد پدریزرگ خود، مرجع دینی بزرگ، شیخ عیسی، که درآن زمان از رهبران بزرگ دینی بشمار می آمد، فراگرفت. سپس پدرش او را برای ادامۀ فراگیری علوم دینی به حوزۀ نجف اشرف فرستاد تا درآنجا علوم دینی را نزد استادان بزرگ حوزۀ علمیه نجف فرا بگیرد. درس قوانین را نزد استاد بزرگ حوزه شیخ محمد صغیر فراگرفت ومراتب درس وبحث را بتدریج تا درس خارج ادامه داد ودر درس خارج مراجع بزرگی همچون سید ابوالحسن اصفهانی، میرزای نائینی وشیخ ضیاء الدین عراقی ونیز شیخ محمد حسین اصفهانی حاضر شد وازهمگی آنان اجازۀ اجتهاد دریافت نمود. همچنانکه درس اخلاق وکتابهای اسفار واشارات را نزد دانشمند بزرگ عرفان سید علی قاضی فراگرفت. پس از وفات پدر، علیرغم میل خود ناگزیر به ترک نجف شد ودر منطقۀ خوزستان اقامت گزید ومسئولیتهای دینی واجتماعی پدر را برعهده گرفت چنانکه عدۀ کثیری از مردم خوزستان، عراق، بحرینف کویت وقطیف درتقلید ودیگر امور دینی واجتماعی به وی مراجعه می کردند. تعداد زیادی از اساتید بزرگ حوزۀ علمیه نجف، درمحضر ایشان دروس حوزوی را فراگرفتند، که از جمله می توان به اسامی زیر اشاره داشت : آيت الله سيد عبد الكريم كشميری آية الله السيد مير محمد القزوينی قاضی شيخ حسن شميساوی شاعر بزرگ شيخ عبد المنعم الفرطوسی علامه شيخ سلمان خاقانی علامه شيخ علي صغير آيت الله شيخ محمد امين زين الدين علامه ميرزا عباس جمال الدين علامه شيخ هادی معرفت صاحب كتاب التمهيد علامه شيخ محمود محسنی ومقرر بحث ایشان درباب طلاق علامه شيخ محمد فرزند ایشان ومقرر بحث ایشان دراصول علامه سيد حسين همدانی ومقرر بحث ایشان درباب قضاء. ازکتابهای ایشان می توان به موارد زیر اشاره داشت: 1ـ أنوار الوسائل در سه جلد 2- الكلم الطيب. 3ـ أنوار الوسائل كتاب البيع. 4ـ المحاكمات بين الكفاية والأعلام الثلاث در سه جلد درعلم اصول (تقرير). 5ـ المحاكمة في القضاء (تقرير). 6ـ المثل الأعلى (دوجلد پیرامون فلسفة). 7ـ تفسير العقل البشري (دوجلد). 8ـ الطلاق (تقرير). 9ـ رسالة الهدى (رسالة عملية). 10ـ موجز الرسالة. 11ـ مناسك الحج. 12ـ راهنماي أحكام 13ـ مواريث الحدائق. آراء فقهی ایشان دربارۀ ولایت فقیه ایشان درکتاب ارزشمند خود بنام انوار الوسائل با تشریح اقوال ونظریات موجود درباب ولایت فقیه به تبیین وتشریح دیدگاه خود دراین زمینه وبیان استدلال خود دراین رابطه می پردازد. ایشان اظهار می دارد: دربارۀ ولایت فقیه میان علما اختلاف وجود دارد وسه نظریه درمیان آنها دراین رابطه موجود است: نخست؛ آنچه محقق نراقی دراین رابطه مطرح کرده است وآنرا همان ولایت معصوم صلوات الله علیه دانسته است بطوریکه هرآنچه معصوم صلوات الله علیه انجام می دهد، فقیه درزمان غیبت انجام می دهد مگر مواردی که مخصوصاً ویژه پیامبر ویا امام است مانند واجب نمودن مثلاً پنجاه ویک رکعت نماز ومانند آن. دوم؛ آنچه مشهور فقها بدان قائلند واینکه فقیه باید وظایف خود را دربارۀ هرآنچه مردمان ورعیت بدان دربارۀ وجود رهبر نیاز دارند، درباب اقتصاد، سیاست وتکلیف وقضاء و... بدان احتیاج دارند، انجام دهد. سوم؛ آنچه صاحب حدائق ومحقق اصفهانی، رحمهما الله ودیگران بدان قائل هستند واینکه فقیه هیچ منصبی جز فتوا وداوری وقضا درباب مرافعات ندارد. آیت الله خاقانی سپس به بیان استدلال محقق نراقی پرداخته وروایات مورد استناد وی را نقل می کند ومی نویسد: محقق نراقی برای اثبات نظریۀ خود به روایات وارده که بر جایگاه علما دلالت می کنند، استناد می کندف ازجمله " عالمان وارثان پیامبرانند" (اصول کافی 1/43 باب ثواب العلم والمتعلم). آنها امینان پیامبرانند تا زمانیکه تسلیم تمایلات وخواسته های سلاطین نشوند.( أصول الكافي1/ 46 باب المستأكل بعلمه). واینکه " علما حاکمان فرمانروایانند وفرمانروان حاکمان مردمانند. (الوسائل باب 11) ایشان سپس ادامه می دهد؛ اما انصاف آنستکه بیشتر این روایات درباب فضیلت علم آورده شده اند همچنانکه از سیاق وچهارچوب بسیاری از آنها روشن می شود، واز سوی دیگر حتی با فرض قبول ظاهر روایات اما بازهم نمی توان مطلوب محقق نراقی را از آنها نتیجه گرفت چرا که اولاً؛ وارث تمامی شأن وجایگاه میت را به ارث نمی برد بلکه تنها چیزهایی را به ارث می برد که قابل به ارث رسیدن هستند وثانیاًغ وجود ولایت مطلق دربارۀ علما اساساً ثابت نیست همچنانکه دربارۀ لفظ انبیاء بسبب اطلاق آنف که شامل پیامبران گذشته هم می شود، ثابت نیست. آیت الله العظمی خاقانی سپس ادامه می دهد: " ظاهر آنستکه ولایت برای علما به آن معنا که ما برای پیامبران باور داریم، غیرقابل اثبات است. ثالثاً؛ این روایات غالباً دارای ذیل ودنباله ای هستند که می گویند، پیامبران مالی را به ارث نمی گذارند واز آنها روشن می شود که منظور این روایات آنچنان نیست که مرحوم نراقی بیان کرده است بلکه مقصود از آنها اینستکه مال ودنیای فانی شأن پیامبران نیست وآنان اهمیتی به آن نمی دهند بلکه شأن وجایگاه آنان توجه دادن مردمان به دین وتبلیغ رسالت پروردگار جهانیان است. اجمالاً می توان گفت که این روایات علیرغم تفاوت موجود درالفاظ وزبان آنها درمقام جعل ولایت نیستند بلکه درمقام بیان فضیلت علم هستند واز این جهت قابل اعتنا نیستند، بعلاوه اینکه لفظ علم وعلما درآن زمان تنها به اهل بیت علیهم السلام اطلاق میشده است وبه آنها انصراف داشته است، همچنانکه برای هرکس که به کتاب کافی ودیگر کتب حدیث مراجعه نماید، این موضوع روشن می شود. همچنانکه از ائمه معصومین سلام الله علیهم روایت شده است که ما ( اهل بیت) علماء هستیم وشیعیان ما متعلمان ودانش آموزان هستند.) (وسائل باب 7 حدیث 18 صفات قاضی) الثالث: إن الناس يحتاجون في زمن الغيبة إلى أكثر مما قلناه لكونهم مبتلين بأمور كثيرة من اقتصاد وسياسة وجزاء ونحو ذلك مما لا يحصى فإذن لا يسع للمعصوم (ع)، أن يترك أمته بهذه الكيفية بل لا بد له أن ينصب قاضيا يقوم بكل ما يحتاج إليه الرعية وإلا كان الإمام (ع) مضيّعا لشيعته ولحقوقهم. آیت الله العظمی خاقانی همچنین درمقام بیان یکی از استدلالات قائلان به ولایت فقیه، می نویسد: دلیل سوم، قائلان به ولایت فقیه اینستکه، مردمان درزمان غیبت درامور مختلف سیاست واقتصاد ومجازات و... نیازمند رهبر ورهبرانی هستند. شایسته نیست که معصوم امتش را اینچنین بدون سرپرست وراهنما دراین زمنیه ها رها نماید، وباید یک داور وقاضی را برای انجام هرآنچه رعیت بدان نیازمند است، منصوب نماید، ودرغیر اینصورت امام علیهم السلام شیعیانش وحقوق آنها را ضایع نموده است. ایشان در رد این استدلال، آنرا در حد واندازۀ یک "استحسان فقهی" شمرده، وآنرا نمی توان به معنای آن دانست که فقیه فردی از معصوم باشد، چرا که عدم تضییع حقوق امت توسط امام مستلزم تنزیل ویا تفویض امر امامت نیست وبطلان استدلال تفویض وتنزیل فقیه به مرتبۀ امام معصوم پیش تر بیان گردید. انقلاب اسلامی ودیدگاههای آیت الله العظمی خاقانی با آغاز رویدادهایی که به پیروزی انقلاب بهمن 1357 منجر شد، آیت الله العظمی خاقانی همگام بامردم ودیگر مراجع فعالانه در روند انقلاب شرکت نمود وبا دعوت کارگران شرکت نفت ایران درآبادان، سرآغاز اعتصابات سراسری درصعنت نفت، درشهرهای اصفهان وتهران را فراهم آورد. پس از پیروزی انقلاب ایران ودرجریان اعتراضات گروههای دارای گرایشهای ناسیونالیستی عربی درخوزستان، وی صراحتاً با گرایشهای تجزیه طلبانه مبارزه نمود واز حکومت مرکزی جدید نیز خواست تا با تجدید نظر درسیاستهای تبعیض آمیز حکومت های قبلی نسبت به رفع تبعیضهای فومیتی موجود بکوشد. وی دردیدار با نمایندگان اقلیتهای دینی ومذهبی وقومیتی از صائبه ومسیحیان ویهودیان، اظهار داشت: " بدانید که اگر این جمهوری (اسلامی) براساس قرآن کریم وتطبیق قوانین اسلامی رفتار نماید، تمامی حقوق محفوظ است واسلام دین عدل ومساوات وامنیت اجتماعی ومحبت وبرادری است. بنده هم مؤید هیچگونه حرکت تجزیه طلبانه نیستم." پس ازگذشت انقلاب، ایشان به سیاستهای حکومت برآمده از انقلاب ورهبر آن، آیت الله خمینی، اعتراض نمود. ولایت مطلقۀ فقیه، اعدامهای گسترده وسیاستهای تبعیض آمیز قومیتی مهمترین اشکالاتی بود که ایشان نسبت به عملکرد جمهوری اسلامی، وارد می نمود. ایشان درخواستهای ده گانۀ خود به این ترتیب بیان نمود: 1- اعلام عفو عمومی 2- تشکیل شورای مراجع تقلید 3- دست کشیدن سیاست صدور انقلاب 4- محدود نمودن اختیارات سپاه پاسداران ونظارت برآن 5- قوۀ قضائیه با نظارت مجتهدین اداره شود 6- استیفای حقوق شرعی قومیتها واقلیتهای مذهبی واحزاب سیاسی که درتضاد با قوانین اسلامی نباشد 7- صیانت وتأمین حقوق کارگران 8- سیاست شفاف وروشن منطقه ای وبین المللی 9- مجلس خبرگان با نظارت مجهتدین اداره شود 10- مرجعیت تنها نقش نظارتی داشته ومستقیماً درمسند قدرت وحکومت نباشد. دراثر بیان این دیدگاهها واعتراض به عملکرد آیت الله خمینی، ایشان به اجبار اززادگاه خود دراهواز به شهر قم انتقال یافت ودرآنجا تبعید، حضر وشکنجه قرار گرفت واطرافیان وهواداران وی دستگیر وروانۀ زندان شدند. همچنین وی نیز تا پایان عمر درحصر خانگی بسر برد، تا آنکه سرانجام در روز نهم بهمن ماه سال 1364 برابر با هجدهم جمادی الاول سال 1406 هجری قمری و26 ژانویه 1986، در اثر مسمومیت توسط رژیم ایران به شهادت رسید. اطرافیان وبستگان وی نیروهای اطلاعاتی وامنیتی رژیم آیت الله خمینی را مسئول مستقیم شهادت وی می دانند.